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- PDB-1bxw: OUTER MEMBRANE PROTEIN A (OMPA) TRANSMEMBRANE DOMAIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bxw
タイトルOUTER MEMBRANE PROTEIN A (OMPA) TRANSMEMBRANE DOMAIN
要素PROTEIN (OUTER MEMBRANE PROTEIN A)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / OUTER MEMBRANE / TRANSMEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


outer membrane protein complex / monoatomic ion transmembrane transporter activity / detection of virus / outer membrane / porin activity / pore complex / monoatomic ion transport / cell outer membrane / outer membrane-bounded periplasmic space / symbiont entry into host cell ...outer membrane protein complex / monoatomic ion transmembrane transporter activity / detection of virus / outer membrane / porin activity / pore complex / monoatomic ion transport / cell outer membrane / outer membrane-bounded periplasmic space / symbiont entry into host cell / DNA damage response / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Outer membrane protein OmpA-like, transmembrane domain / Outer membrane protein, OmpA / OmpA-like transmembrane domain / Porin - #20 / Outer membrane protein, OmpA-like, conserved site / OmpA-like domain. / Outer membrane protein, bacterial / : / OmpA-like domain superfamily / OmpA family ...Outer membrane protein OmpA-like, transmembrane domain / Outer membrane protein, OmpA / OmpA-like transmembrane domain / Porin - #20 / Outer membrane protein, OmpA-like, conserved site / OmpA-like domain. / Outer membrane protein, bacterial / : / OmpA-like domain superfamily / OmpA family / OmpA-like domain / OmpA-like domain profile. / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane protein A
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli BL21 (大腸菌)
手法X線回折 / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Schulz, G.E. / Pautsch, A.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998
タイトル: Structure of the outer membrane protein A transmembrane domain.
著者: Pautsch, A. / Schulz, G.E.
履歴
登録1998年10月3日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01998年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Advisory
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
改定 1.42018年3月14日Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年2月15日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (OUTER MEMBRANE PROTEIN A)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1992
ポリマ－18,8931
非ポリマー3061
水70339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.180, 77.950, 50.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.52, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (OUTER MEMBRANE PROTEIN A)


分子量: 18892.898 Da / 分子数: 1 / 断片: TRANSMEMBRANE DOMAIN / 変異: F23L, Q34K, K107Y / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
生物種: Escherichia coli / 株: BL21DE3 / 遺伝子: OMPA / プラスミド: PET3B-171 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: P0A910
#2: 化合物 ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル


分子量: 306.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O5 / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.7 %
結晶化pH: 5
詳細: 10 % PEG-8000 10 % MPD 0.05 M POTASSIUM PHOSPHATE PH 5.0
結晶化
*PLUS
pH: 5.1 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: drop contained 1:1 mixture of protein and reservoir solution
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
20.6 %(w/v)1dropC8E4
312 %(w/v)PEG80001reservoir
410 %(v/v)MPD1reservoir
525 mM1reservoirKH2PO4

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1998年1月15日
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 8328 / % possible obs: 89 % / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 49.2 Å2 / Rsym value: 0.028 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 1.2 % / Mean I/σ(I) obs: 6.6 / Rsym value: 0.11 / % possible all: 53
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.028
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 53 % / Rmerge(I) obs: 0.11

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
REFMAC精密化
XDSデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.5→50 Å / SU B: 3.64 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: DISORDERED REGIONS ARE FROM GLY22-GLY28, GLY65-GLU68 AND ILE147-PRO147 WERE MODELED STEREOCHEMICALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 404 5 %RANDOM
Rwork0.189 ---
obs-8328 89 %-
原子変位パラメータBiso mean: 60.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1330 0 21 39 1390
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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