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- PDB-1bxn: THE CRYSTAL STRUCTURE OF RUBISCO FROM ALCALIGENES EUTROPHUS TO 2.... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bxn
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF RUBISCO FROM ALCALIGENES EUTROPHUS TO 2.7 ANGSTROMS.
要素
  • PROTEIN (RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN)
  • PROTEIN (RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN)
キーワードLYASE / LYASE (CARBON-CARBON)
機能・相同性
機能・相同性情報


ribulose-bisphosphate carboxylase / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / reductive pentose-phosphate cycle / monooxygenase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain / RuBisCO large subunit, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase large subunit, type I / Ribulose bisphosphate carboxylase, large chain, active site ...Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain / RuBisCO large subunit, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase large subunit, type I / Ribulose bisphosphate carboxylase, large chain, active site / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain active site. / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, ferrodoxin-like N-terminal / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal / RuBisCO / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain superfamily / RuBisCO large subunit, N-terminal domain superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, catalytic domain / Alpha-Beta Plaits / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Ribulose bisphosphate carboxylase small chain, chromosomal / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, chromosomal
類似検索 - 構成要素
生物種Cupriavidus necator (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Hansen, S. / Vollan, V.B. / Hough, E. / Andersen, K.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: The crystal structure of rubisco from Alcaligenes eutrophus reveals a novel central eight-stranded beta-barrel formed by beta-strands from four subunits.
著者: Hansen, S. / Vollan, V.B. / Hough, E. / Andersen, K.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Purification, Crystallization and Preliminary X-Ray Studies of Two Isoforms of Rubisco from Alcaligenes Eutrophus
著者: Hansen, S. / Hough, E. / Andersen, K.
履歴
登録1998年10月6日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN)
I: PROTEIN (RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN)
C: PROTEIN (RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN)
J: PROTEIN (RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN)
E: PROTEIN (RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN)
K: PROTEIN (RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN)
G: PROTEIN (RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN)
L: PROTEIN (RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)279,81116
ポリマ－279,0518
非ポリマー7608
水00
1
A: PROTEIN (RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN)
I: PROTEIN (RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN)
C: PROTEIN (RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN)
J: PROTEIN (RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN)
E: PROTEIN (RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN)
K: PROTEIN (RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN)
G: PROTEIN (RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN)
L: PROTEIN (RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN)
I: PROTEIN (RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN)
C: PROTEIN (RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN)
J: PROTEIN (RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN)
E: PROTEIN (RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN)
K: PROTEIN (RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN)
G: PROTEIN (RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN)
L: PROTEIN (RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)559,62232
ポリマ－558,10316
非ポリマー1,52016
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area95060 Å2
ΔGint-442 kcal/mol
Surface area121570 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)112.000, 112.000, 402.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.013, -0.987, 0.163), (1, 0.014, 0.001), (-0.003, 0.163, 0.987)93.962, 100.378, -16.079
2given(0.014, -0.986, 0.168), (1, 0.014, -0.001), (-0.001, 0.168, 0.986)93.52, 100.51, -16.493
3given(-0.987, 0.006, 0.16), (0.02, -0.987, 0.162), (0.159, 0.164, 0.974)-6.824, 196.01401, -15.705
4given(-0.986, 0.012, 0.165), (0.015, -0.987, 0.162), (0.165, 0.162, 0.973)-7.689, 196.035, -15.434
5given(0.004, 1), (-0.987, 0.004, 0.161), (0.161, -0.001, 0.987)-101.89, 95.244, 0.533
6given(0.008, 1, 0.002), (-0.986, 0.008, 0.166), (0.166, -0.004, 0.986)-102.032, 94.507, 0.958

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要素

#1: タンパク質
PROTEIN (RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN) / RUBISCO


分子量: 53703.910 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cupriavidus necator (バクテリア)
参照: UniProt: P0C2C2*PLUS, ribulose-bisphosphate carboxylase
#2: タンパク質
PROTEIN (RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN) / RUBISCO


分子量: 16058.934 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cupriavidus necator (バクテリア)
参照: UniProt: P09658*PLUS, ribulose-bisphosphate carboxylase
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.8 %
結晶化pH: 8.4 / 詳細: pH 8.40
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
140 mg/mlprotein1drop
220 mMHEPES1drop
30.7-0.8 M1reservoirK2HPO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM1A / 波長: 0.9117
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年5月11日
放射モノクロメーター: YES / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9117 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→25 Å / Num. obs: 65785 / % possible obs: 88 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 1.5
反射
*PLUS
% possible obs: 87.5 %
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.65 Å / 最低解像度: 2.79 Å / % possible obs: 89.1 % / 冗長度: 4.3 % / Num. unique obs: 9546 / Rmerge(I) obs: 0.695

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.8精密化
CCP4データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1AUS

1aus


解像度: 2.7→15 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.322 -10 %RANDOM
Rwork0.266 ---
obs0.266 65785 90 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18104 0 40 0 18144
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d22.76
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.11
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg22.76
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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