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- PDB-1bx2: CRYSTAL STRUCTURE OF HLA-DR2 (DRA*0101,DRB1*1501) COMPLEXED WITH ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bx2
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HLA-DR2 (DRA*0101,DRB1*1501) COMPLEXED WITH A PEPTIDE FROM HUMAN MYELIN BASIC PROTEIN
要素(PROTEIN (HLA-DR2)) x 3
キーワードIMMUNE SYSTEM / HLA-DR2 / MYELIN BASIC PROTEIN / MULTIPLE SCLEROSIS / AUTOIMMUNITY
機能・相同性
機能・相同性情報


compact myelin / structural constituent of myelin sheath / positive regulation of metalloendopeptidase activity / internode region of axon / axon ensheathment / negative regulation of heterotypic cell-cell adhesion / regulation of interleukin-4 production / regulation of interleukin-10 production / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II ...compact myelin / structural constituent of myelin sheath / positive regulation of metalloendopeptidase activity / internode region of axon / axon ensheathment / negative regulation of heterotypic cell-cell adhesion / regulation of interleukin-4 production / regulation of interleukin-10 production / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / MHC class II receptor activity / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / positive regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / positive regulation of kinase activity / positive regulation of memory T cell differentiation / membrane organization / CD4 receptor binding / positive regulation of monocyte differentiation / inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / intermediate filament / T-helper 1 type immune response / transport vesicle membrane / maintenance of blood-brain barrier / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / polysaccharide binding / negative regulation of type II interferon production / humoral immune response / Generation of second messenger molecules / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / macrophage differentiation / immunological synapse / Co-inhibition by PD-1 / epidermis development / detection of bacterium / T cell receptor binding / negative regulation of T cell proliferation / myelination / substantia nigra development / MHC class II antigen presentation / central nervous system development / trans-Golgi network membrane / cell periphery / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / protein tetramerization / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / sensory perception of sound / MHC class II protein complex / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / structural constituent of cytoskeleton / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of T cell activation / cognition / response to toxic substance / Interferon gamma signaling / MHC class II protein complex binding / endocytic vesicle membrane / late endosome membrane / MAPK cascade / Downstream TCR signaling / myelin sheath / T cell receptor signaling pathway / positive regulation of protein phosphorylation / protease binding / early endosome membrane / chemical synaptic transmission / adaptive immune response / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of viral entry into host cell / lysosome / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of MAPK cascade / calmodulin binding / immune response / external side of plasma membrane / Golgi membrane / lysosomal membrane / neuronal cell body / synapse / lipid binding / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / signal transduction / protein-containing complex / extracellular space / extracellular exosome / nucleus / membrane
類似検索 - 分子機能
Myelin basic protein / Myelin basic protein / Myelin basic protein signature. / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain ...Myelin basic protein / Myelin basic protein / Myelin basic protein signature. / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / HLA class II histocompatibility antigen, DRB1 beta chain / Myelin basic protein / HLA class II histocompatibility antigen, DRB1 beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Smith, K.J. / Pyrdol, J. / Gauthier, L. / Wiley, D.C. / Wucherpfennig, K.
引用
ジャーナル: J.Exp.Med. / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of HLA-DR2 (DRA*0101, DRB1*1501) complexed with a peptide from human myelin basic protein.
著者: Smith, K.J. / Pyrdol, J. / Gauthier, L. / Wiley, D.C. / Wucherpfennig, K.W.
#1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1995
タイトル: Molecular Mimicry in T Cell Mediated Autoimmunity:Viral Peptides Activate Human T Cell Clones Specific for Myelin Basic Protein
著者: Wucherpfennig, K. / Strominger, J.L.
履歴
登録1998年10月12日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01998年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (HLA-DR2)
B: PROTEIN (HLA-DR2)
C: PROTEIN (HLA-DR2)
D: PROTEIN (HLA-DR2)
E: PROTEIN (HLA-DR2)
F: PROTEIN (HLA-DR2)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,6208
ポリマ－90,1776
非ポリマー4422
水86548
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
D: PROTEIN (HLA-DR2)
E: PROTEIN (HLA-DR2)
F: PROTEIN (HLA-DR2)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3104
ポリマ－45,0893
非ポリマー2211
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7510 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area18110 Å2
手法PISA
3
A: PROTEIN (HLA-DR2)
B: PROTEIN (HLA-DR2)
C: PROTEIN (HLA-DR2)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3104
ポリマ－45,0893
非ポリマー2211
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7470 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area17980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.403, 95.403, 295.219
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (HLA-DR2)


分子量: 20971.670 Da / 分子数: 2 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAINS ALPHA 1, ALPHA 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞内の位置 (発現宿主): SECRETED / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: P01903
#2: タンパク質 PROTEIN (HLA-DR2)


分子量: 22316.930 Da / 分子数: 2 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAINS BETA 1, BETA 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P04229, UniProt: P01911*PLUS
#3: タンパク質・ペプチド PROTEIN (HLA-DR2)


分子量: 1800.086 Da / 分子数: 2 / 断片: PEPTIDE FROM HUMAN MYELIN BASIC PROTEIN / 由来タイプ: 天然
詳細: MYELIN BASIC PROTEIN PEPTIDE WAS COVALENTLY LINKED TO THE N-TERMINUS OF THE HLA-DR2 BETA CHAIN
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02686*PLUS
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 %
結晶化pH: 3.5 / 詳細: 15-18% PEG6000 100MM GLYCINE PH3.5
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / pH: 7.5 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein11
250 mMTris-HCl11
3100 mMglycine11
415-18 %PEG600011

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.92
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 1998年3月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 42589 / % possible obs: 88.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 37.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 23
反射 シェル解像度: 2.49→2.6 Å / Rmerge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 83.1
反射
*PLUS
Num. measured all: 263333
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 83.1 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DLH

1dlh


解像度: 2.6→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 1893 5 %RANDOM
Rwork0.238 ---
obs0.238 37678 87.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 35.7 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.35 Å
Luzzati d res low-20 Å
Luzzati sigma a0.42 Å0.42 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6206 0 28 48 6282
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d29.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.691.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.882
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.542
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it4.012.5
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.386 234 5.5 %
Rwork0.377 4013 -
obs--81.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLTOPH19.PEP
X-RAY DIFFRACTION3PARAM3.CHOTOPH3.CHO

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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