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- PDB-1bwp: PROBING THE SUBSTRATE SPECIFICITY OF THE INTRACELLULAR BRAIN PLAT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bwp
タイトルPROBING THE SUBSTRATE SPECIFICITY OF THE INTRACELLULAR BRAIN PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE
要素PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE
キーワードHYDROLASE / ACETYLHYDROLASE HYDROLASE / LIPID DEGRADATION / PLATELET FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


platelet-activating factor acetyltransferase activity / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase complex / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase activity / lipid catabolic process / spermatogenesis / protein heterodimerization activity / protein homodimerization activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SGNH hydrolase / SGNH hydrolase-type esterase domain / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family / SGNH hydrolase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Platelet-activating factor acetylhydrolase IB subunit alpha1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Ho, Y.S. / Sheffield, P.J. / Masuyama, J. / Arai, H. / Li, J. / Aoki, J. / Inoue, K. / Derewenda, U. / Derewenda, Z.
引用
ジャーナル: Protein Eng. / 年: 1999
タイトル: Probing the Substrate Specificity of the Intracellular Brain Platelet-Activating Factor Acetylhydrolase
著者: Ho, Y.S. / Sheffield, P.J. / Masuyama, J. / Arai, H. / Li, J. / Aoki, J. / Inoue, K. / Derewenda, U. / Derewenda, Z.S.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1997
タイトル: Brain Acetylhydrolase that Inactivates Platelet-Activating Factor is a G-Protein-Like Trimer
著者: Ho, Y.S. / Swenson, L. / Derewenda, U. / Serre, L. / Wei, Y. / Dauter, Z. / Hattori, M. / Adachi, T. / Aoki, J. / Arai, H. / Inoue, K. / Derewenda, Z.S.
履歴
登録1998年9月27日処理サイト: BNL
改定 1.01999年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9581
ポリマ－25,9581
非ポリマー00
水2,612145
1
A: PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE

A: PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9172
ポリマ－51,9172
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+2/31
単位格子
Length a, b, c (Å)81.800, 81.800, 72.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE / PAFAH


分子量: 25958.400 Da / 分子数: 1 / 変異: L48A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 組織: BRAIN / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 器官: BRAIN / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q29460, 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 39 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15-9 mg/mlprotein1drop
216 %ammonium sulfate1reservoir
3Tris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年11月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 16524 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.56 % / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 2.1→2.17 Å / Rsym value: 0.199 / % possible all: 71
反射
*PLUS
Num. measured all: 174619 / Rmerge(I) obs: 0.056
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 70.8 % / Rmerge(I) obs: 0.203

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PAF ACETYLHYDROLASE

解像度: 2.1→8 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 1635 10 %RANDOM
Rwork0.209 ---
obs-16355 99 %-
原子変位パラメータBiso mean: 22.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1687 0 0 145 1832
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0090.025
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0230.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0240.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr9.410
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1840.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2440.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.209
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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