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万見
- PDB-1bv3: HUMAN CARBONIC ANHYDRASE II COMPLEXED WITH UREA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bv3
タイトルHUMAN CARBONIC ANHYDRASE II COMPLEXED WITH UREA
要素PROTEIN (CARBONIC ANHYDRASE II)
キーワードLYASE / CARBONATE HYDRO-LYASE
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase activity / cyanamide hydratase / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase activity / cyanamide hydratase / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium / angiotensin-activated signaling pathway / regulation of intracellular pH / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / apical part of cell / myelin sheath / extracellular exosome / zinc ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase ...Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-(HYDROXYMERCURY)BENZOIC ACID / UREA / Carbonic anhydrase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / OTHER / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Briganti, F. / Mangani, S. / Scozzafava, A. / Vernaglione, G. / Supuran, C.T.
引用ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 1999
タイトル: Carbonic anhydrase catalyzes cyanamide hydration to urea: is it mimicking the physiological reaction?
著者: Briganti, F. / Mangani, S. / Scozzafava, A. / Vernaglione, G. / Supuran, C.T.
履歴
登録1998年9月22日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (CARBONIC ANHYDRASE II)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6224
ポリマ－29,1581
非ポリマー4643
水2,414134
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.820, 42.020, 73.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.26, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (CARBONIC ANHYDRASE II) / HCA II


分子量: 29157.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: ERYTHROCYTES / プラスミド: PACA-HCA II / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-HGB / 4-(HYDROXYMERCURY)BENZOIC ACID


分子量: 338.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6HgO3
#4: 化合物 ChemComp-URE / UREA


分子量: 60.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH4N2O
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.6 %
結晶化pH: 7.7
詳細: 2.3M AMMONIUM SULFATE, 55MM TRIS-HCL, 1MM SODIUM 4-(HYDROXYMERCURY)BENZOATE, PH 7, pH 7.7
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: drop consists of equal volume of enzyme and reservoir solutions
PH range low: 7.8 / PH range high: 7.7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlenzyme1drop
250 mMTris-HCl1drop
31 mMsodium 4-(hydroxymercury)benzoate1drop
42.3-2.4 Mammonium sulfate1reservoir
550 mMTris-HCl1reservoir
61 mMsodium 4-(hydroxymercury)benzoate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: CCD / 日付: 1998年5月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GOBEL MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→30 Å / Num. obs: 21668 / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.134 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 92.5
反射
*PLUS
Num. measured all: 55987
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92.5 % / Mean I/σ(I) obs: 5

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解析

ソフトウェア
名称分類
SAINTデータスケーリング
SAINTデータ削減
CCP4モデル構築
CCP4精密化
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 1.85→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: THE SIDE CHAIN OF HIS A 64 IS DISORDERED WITH AN OCCUPANCY OF 0.70.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.213 1068 5 %RANDOM
Rwork0.171 ---
all-21358 --
obs-21358 91.8 %-
Refine analyzeLuzzati d res low obs: 10 Å / Luzzati sigma a obs: 0.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2044 0 15 137 2196
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0190.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.040.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0770.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it2.833
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it3.575
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it6.587
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it8.7210
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0140.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1850.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.180.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2060.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1770.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor3.33
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor19.215
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor32.720
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor1215
ソフトウェア
*PLUS
名称: CCP4 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.217
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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