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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bux | ||||||
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タイトル | 3'-PHOSPHORYLATED NUCLEOTIDES BINDING TO NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE | ||||||
![]() | NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE | ||||||
![]() | PHOSPHOTRANSFERASE / INHIBITOR / PAPS | ||||||
機能・相同性 | ![]() dGTP biosynthetic process from dGDP / Azathioprine ADME / Ribavirin ADME / asexual reproduction / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / Neutrophil degranulation / nucleoside triphosphate biosynthetic process / negative regulation of pinocytosis / nucleoside-diphosphate kinase / CTP biosynthetic process ...dGTP biosynthetic process from dGDP / Azathioprine ADME / Ribavirin ADME / asexual reproduction / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / Neutrophil degranulation / nucleoside triphosphate biosynthetic process / negative regulation of pinocytosis / nucleoside-diphosphate kinase / CTP biosynthetic process / UTP biosynthetic process / negative regulation of exocytosis / negative regulation of phagocytosis / GTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / translational elongation / phagocytic vesicle / secretory granule / response to bacterium / actin cytoskeleton organization / cytoskeleton / ribosome / G protein-coupled receptor signaling pathway / phosphorylation / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Xu, Y. / Schneider, B. / Deville-Bonne, D. / Veron, M. / Janin, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: 3'-Phosphorylated nucleotides are tight binding inhibitors of nucleoside diphosphate kinase activity. 著者: Schneider, B. / Xu, Y.W. / Janin, J. / Veron, M. / Deville-Bonne, D. #1: ![]() タイトル: Mechanism of Phosphate Transfer by Nucleoside Diphosphate Kinase: X-Ray Structures of the Phosphohistidine Intermediate of the Enzymes from Drosophila and Dictyostelium 著者: Morera, S. / Chiadmi, M. / Lebras, G. / Lascu, I. / Janin, J. #2: ![]() タイトル: Adenosine 5'-Diphosphate Binding and the Active Site of Nucleoside Diphosphate Kinase 著者: Morera, S. / Lascu, I. / Dumas, C. / Lebras, G. / Briozzo, P. / Veron, M. / Janin, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 97.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 76.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 644.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 658.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16816.336 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 8.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年4月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→15 Å / Num. obs: 10703 / % possible obs: 91.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 58.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 18 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Rsym value: 0.338 / % possible all: 95.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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原子変位パラメータ | Biso mean: 31.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati d res low obs: 4.5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.34 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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