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- PDB-1bul: 6ALPHA-(HYDROXYPROPYL)PENICILLANATE ACYLATED ON NMC-A BETA-LACTAM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bul
タイトル6ALPHA-(HYDROXYPROPYL)PENICILLANATE ACYLATED ON NMC-A BETA-LACTAMASE FROM ENTEROBACTER CLOACAE
要素NMC-A BETA-LACTAMASE
キーワードHYDROLASE / ANTIBIOTIC RESISTANCE / CLASS A CARBAPENEMASE
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AP3 / Imipenem-hydrolyzing beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacter cloacae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Mourey, L. / Swaren, P. / Miyashita, K. / Bulychev, A. / Mobashery, S. / Samama, J.P.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1998
タイトル: Inhibition of the Nmc-A B-Lactamase by a Penicillanic Acid Derivative, and the Structural Bases for the Increase in Substrate Profile of This Antibiotic Resistance Enzyme
著者: Mourey, L. / Swaren, P. / Miyashita, K. / Bulychev, A. / Mobashery, S. / Samama, J.P.
履歴
登録1998年9月4日処理サイト: BNL
改定 1.01998年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NMC-A BETA-LACTAMASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0015
ポリマ－29,1381
非ポリマー8634
水3,441191
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.550, 52.460, 67.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 NMC-A BETA-LACTAMASE


分子量: 29137.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ACYL-ENZYME COMPLEX / 由来: (天然) Enterobacter cloacae (バクテリア) / 株: NOR-1 / 参照: UniProt: P52663, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-AP3 / 2-(1-CARBOXY-2-HYDROXY-2-METHYL-PROPYL)-5,5-DIMETHYL-THIAZOLIDINE-4-CARBOXYLIC ACID


分子量: 277.337 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H19NO5S
#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE STRUCTURE DEPOSITED IS AN ACYL-ENZYME COMPLEX BETWEEN 6 ALPHA-(HYDROXYPROPYL)PENICILLANIC ACID ...THE STRUCTURE DEPOSITED IS AN ACYL-ENZYME COMPLEX BETWEEN 6 ALPHA-(HYDROXYPROPYL)PENICILLANIC ACID AND THE NMC-A BETA-LACTAMASE FROM ENTEROBACTER CLOACAE NOR-1. THE ACYLATED RESIDUE IS SER 70.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.2 %
結晶化pH: 7.5
詳細: 20% (W/V)PEG 1500, 0.200 M MES PH 5.25, 6% (V/V) N-PROPANOL, pH 7.5
結晶化
*PLUS
手法: unknown

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW32 / 波長: 0.97
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年10月15日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→18.6 Å / Num. obs: 22025 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 1.89→1.96 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / % possible all: 95
反射
*PLUS
Num. measured all: 81088
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95 % / Num. unique obs: 2019 / Num. measured obs: 6594

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
ROTAVATAデータ削減
Agrovataデータ削減
AMoRE位相決定
X-PLOR3.1精密化
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: THE NMC-A BETA-LACTAMASE STRUCTURE

解像度: 1.89→18.6 Å / Rfactor Rfree error: 0.0064 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: BULK SOLVENT CORRECTION USED WITH A DENSITY OF 0.33 E-/A**3, SOLVENT RADIUS OF 0.25 ANGSTROMS AND B VALUES OF 50 A**2.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 1625 7.3 %RANDOM
Rwork0.209 ---
obs0.209 22005 98.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 13.1 Å2
Refine analyzeLuzzati d res low obs: 18.6 Å / Luzzati sigma a obs: 0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89→18.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2048 0 53 191 2292
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.89→1.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.37 182 6.6 %
Rwork0.317 2458 -
obs--95.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2MES.PARMES.TOP
X-RAY DIFFRACTION3PROPYL.PARPROPYL.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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