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- PDB-1bue: NMC-A CARBAPENEMASE FROM ENTEROBACTER CLOACAE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bue
タイトルNMC-A CARBAPENEMASE FROM ENTEROBACTER CLOACAE
要素PROTEIN (IMIPENEM-HYDROLYSING BETA-LACTAMASE)
キーワードHYDROLASE / ANTIBIOTIC RESISTANCE / CLASS A CARBAPENEMASE
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Imipenem-hydrolyzing beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacter cloacae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Swaren, P. / Maveyraud, L. / Cabantous, S. / Pedelacq, J.D. / Mourey, L. / Frere, J.M. / Samama, J.P.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1998
タイトル: X-ray analysis of the NMC-A beta-lactamase at 1.64-A resolution, a class A carbapenemase with broad substrate specificity.
著者: Swaren, P. / Maveyraud, L. / Raquet, X. / Cabantous, S. / Duez, C. / Pedelacq, J.D. / Mariotte-Boyer, S. / Mourey, L. / Labia, R. / Nicolas-Chanoine, M.H. / Nordmann, P. / Frere, J.M. / Samama, J.P.
#1: ジャーナル: FEMS Microbiol.Lett. / 年: 1996
タイトル: A Kinetic Study of NMC-A Beta-Lactamase, an Ambler Class A Carbapenemase Also Hydrolyzing Cephamycins
著者: Mariotte-Boyer, S. / Nicolas-Chanoine, M.H. / Labia, R.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1994
タイトル: Analysis of a Carbapenem-Hydrolyzing Class A Beta-Lactamase from Enterobacter Cloacae and of its Lysr-Type Regulatory Protein
著者: Naas, T. / Nordmann, P.
履歴
登録1998年9月3日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (IMIPENEM-HYDROLYSING BETA-LACTAMASE)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1381
ポリマ－29,1381
非ポリマー00
水2,072115
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.690, 52.900, 67.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (IMIPENEM-HYDROLYSING BETA-LACTAMASE) / CARBAPENEMASE / NMC-A


分子量: 29137.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacter cloacae (バクテリア)
株: NOR-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52663, beta-lactamase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.6 %
解説: ONE CRYSTAL WAS USED FOR NATIVE LOW RESOLUTION DATA TO 2.9 ANGSTROMS RESOLUTION, AND A SECOND CRYSTAL WAS USED FOR DATA TO 1.64 ANGSTROMS RESOLUTION.
結晶化pH: 5.25
詳細: INITIAL PROTEIN CONCENTRATION WAS 2.0 G/L EQUILIBRATED AGAINST 0.200 M MES PH 5.25, 20% (W/V)PEG 1500, 6% (V/V) N-PROPANOL AT 295K.
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
12.0 mg/mlprotein1drop
245 mMMES1drop
35 %(w/v)PEG15001drop
4200 mMMES1reservoir
520 %(w/v)PEG15001reservoir
66 %(v/v)n-propyl alcohol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW32 / 波長: 0.975
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年5月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.975 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→31 Å / Num. obs: 32762 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 13.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 33.3
反射 シェル解像度: 1.64→1.68 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 7.1 / Rsym value: 0.192 / % possible all: 68
反射
*PLUS
Num. measured all: 111487

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
CCP4データ削減
CCP4モデル構築
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.1精密化
CCP4データスケーリング
CCP4位相決定
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散
開始モデル: NOT APPLICABLE

解像度: 1.64→31 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: BULK SOLVENT CORRECTION USED WITH A DENSITY OF 0.34 E-/A**3, SOLVENT RADIUS OF 0.25 ANGSTROMS AND B FACTORS OF 50 A**2 RESIDUES 30 AND 63 HAVE ALTERNATE CONFORMATIONS. RESIDUE 140A WAS INSERTED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.214 1623 5 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.192 32739 93.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 13.3 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.18 Å / Luzzati d res low obs: 31 Å / Luzzati sigma a obs: 0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.64→31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2028 0 0 115 2143
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.297
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.37
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.126
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: NOT APPLICABLE
LS精密化 シェル解像度: 1.64→1.71 Å / Total num. of bins used: 8 / % reflection obs: 74.3 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 13.3 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.37
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.126

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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