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- PDB-1buc: THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF BUTYRYL-COA DEHYDROGENASE FROM MEG... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1buc
タイトルTHREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF BUTYRYL-COA DEHYDROGENASE FROM MEGASPHAERA ELSDENII
要素BUTYRYL-COA DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / ACYL-COA DEHYDROGENASE SHORT-CHAIN ACYL-COA DEHYDROGENASE / FLAVOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


: / short-chain acyl-CoA dehydrogenase / fatty acid metabolic process / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Acyl-CoA dehydrogenases signature 1. / Acyl-CoA dehydrogenases signature 2. / Acyl-CoA dehydrogenase, conserved site / Butyryl-Coa Dehydrogenase, subunit A; domain 1 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 2 / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 2 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal domain / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal ...Acyl-CoA dehydrogenases signature 1. / Acyl-CoA dehydrogenases signature 2. / Acyl-CoA dehydrogenase, conserved site / Butyryl-Coa Dehydrogenase, subunit A; domain 1 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 2 / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 2 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal domain / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain superfamily / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 3 / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal and middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase-like, C-terminal / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Up-down Bundle / Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETOACETYL-COENZYME A / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Acyl-CoA dehydrogenase, short-chain specific
類似検索 - 構成要素
生物種Megasphaera elsdenii (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Djordjevic, S. / Pace, C.P. / Stankovich, M.T. / Kim, J.J.P.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995
タイトル: Three-dimensional structure of butyryl-CoA dehydrogenase from Megasphaera elsdenii.
著者: Djordjevic, S. / Pace, C.P. / Stankovich, M.T. / Kim, J.J.
履歴
登録1994年9月6日処理サイト: BNL
改定 1.01995年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BUTYRYL-COA DEHYDROGENASE
B: BUTYRYL-COA DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,1806
ポリマ－82,9062
非ポリマー3,2744
水00
1
A: BUTYRYL-COA DEHYDROGENASE
B: BUTYRYL-COA DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

A: BUTYRYL-COA DEHYDROGENASE
B: BUTYRYL-COA DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,36112
ポリマ－165,8124
非ポリマー6,5498
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area27100 Å2
ΔGint-139 kcal/mol
Surface area46990 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)107.800, 107.800, 153.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number89
Space group name H-MP422
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.994, 0.1084, 0.0143), (0.1084, 0.9941, -0.0037), (-0.0146, -0.0021, -0.9999)
ベクター: 105.7486, -5.3269, 230.40823)
詳細MTRIX THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE NON-CRYSTALLOGRAPHIC RELATIONSHIPS AMONG THE VARIOUS DOMAINS IN THIS ENTRY. APPLYING THE APPROPRIATE MTRIX TRANSFORMATION TO THE RESIDUES LISTED FIRST WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE RESIDUES LISTED SECOND. APPLIED TO TRANSFORMED TO MTRIX CHAIN RESIDUES CHAIN RESIDUES RMSD M1 B 1 - B 383 A 1 - A 383 0.355

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要素

#1: タンパク質 BUTYRYL-COA DEHYDROGENASE


分子量: 41453.043 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Megasphaera elsdenii (バクテリア)
参照: UniProt: Q06319, EC: 1.3.99.2
#2: 化合物 ChemComp-CAA / ACETOACETYL-COENZYME A / 3-オキソブチリルCoA


分子量: 851.607 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H40N7O18P3S
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.32 %
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 49 %
結晶化
*PLUS
温度: 19 ℃ / pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 mg/mlprotein1drop
2120 mMpotassium phosphate1drop
360 mMBis-Tris acetate1drop
4190 mMammonium sulfate1drop
54.3 %PEG45001drop
650 %PEG45001reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射Num. obs: 25601 / % possible obs: 80 % / Observed criterion σ(I): 2
反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / Num. measured all: 81262 / Rmerge(I) obs: 0.08

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.5→8 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.193 --
obs0.193 26003 80 %
原子変位パラメータBiso mean: 19 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5818 0 214 0 6032
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d3.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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