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- PDB-1bu2: X-RAY STRUCTURE OF A VIRAL CYCLIN FROM HERPESVIRUS SAIMIRI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bu2
タイトルX-RAY STRUCTURE OF A VIRAL CYCLIN FROM HERPESVIRUS SAIMIRI
要素CYCLIN HOMOLOG
キーワードCELL CYCLE REGULATION / HERPESVIRUS SAIMIRI / VIRAL CYCLIN
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host cell cycle progression / cell division
類似検索 - 分子機能
Cyclin domain, herpesvirus / Herpesviridae viral cyclin / Cyclin, herpesvirus / : / Cyclins signature. / Cyclin / Cyclin-like / Cyclin A; domain 1 / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain ...Cyclin domain, herpesvirus / Herpesviridae viral cyclin / Cyclin, herpesvirus / : / Cyclins signature. / Cyclin / Cyclin-like / Cyclin A; domain 1 / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Herpesvirus saimiri
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Schulze-Gahmen, U. / Jung, J.U. / Kim, S.-H.
引用
ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of a viral cyclin, a positive regulator of cyclin-dependent kinase 6.
著者: Schulze-Gahmen, U. / Jung, J.U. / Kim, S.H.
履歴
登録1998年9月10日処理サイト: BNL
改定 1.01999年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYCLIN HOMOLOG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8491
ポリマ－25,8491
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.920, 61.440, 130.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CYCLIN HOMOLOG


分子量: 25849.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Herpesvirus saimiri (strain 11) (ヘルペスウイルス)
属: Rhadinovirus / 生物種: Saimiriine herpesvirus 2 / 株: 11 / 遺伝子: ECLF2 / プラスミド: PQE9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5ALPHADE3 PACYC / 参照: UniProt: Q01043

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.18 %
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.0
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
14.0-4.5 mg/mlprotein1drop
20.2 mMEDTA1drop
310 mMdithiothreitol1drop
40.8 MNa/K-phosphate1reservoir
54 %PEG15001reservoir
620 mMdithiothreitol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12B / 波長: 0.9471
検出器タイプ: MARRESEARCH / 日付: 1995年11月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9471 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→20 Å / Num. obs: 6501 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 69.2 Å2 / Rsym value: 0.95 / Net I/σ(I): 11.5
反射
*PLUS
Num. measured all: 23083 / Rmerge(I) obs: 0.095
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.8 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 2.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.3精密化
HKLデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS0.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high rms absF: 1077669.13 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.325 678 11.1 %RANDOM
Rwork0.242 ---
obs0.242 6121 93.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 64.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.86 Å20 Å20 Å2
2---19.64 Å20 Å2
3---14.78 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.53 Å0.39 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.6 Å0.48 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1671 0 0 0 1671
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.044 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.436 100 10.5 %
Rwork0.335 856 -
obs--90.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.3 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.324
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg19.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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