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- PDB-1bt4: PHOSPHOSERINE AMINOTRANSFERASE FROM BACILLUS CIRCULANS SUBSP. ALK... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bt4
タイトルPHOSPHOSERINE AMINOTRANSFERASE FROM BACILLUS CIRCULANS SUBSP. ALKALOPHILUS
要素Phosphoserine aminotransferase
キーワードTRANSFERASE / AMINOTRANSFERASE / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / PHOSPHOSERINE / ALKALIPHILIC
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoserine transaminase / O-phospho-L-serine:2-oxoglutarate aminotransferase activity / L-serine biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphoserine aminotransferase / Aminotransferase class-V, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-V pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain ...Phosphoserine aminotransferase / Aminotransferase class-V, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-V pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Phosphoserine aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus circulans (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Hester, G. / Luong, T.N. / Moser, M. / Jansonius, J.N.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: The Crystal Structure of Phosphoserine Aminotransferase from Bacillus Circulans Subsp. Alkalophilus
著者: Hester, G. / Luong, T.N. / Moser, M. / Jansonius, J.N.
#1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1996
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of Phosphoserine Aminotransferase from Bacillus Circulans Subsp. Alkalophilus
著者: Moser, M. / Muller, R. / Battchikova, N. / Koivulehto, M. / Korpela, T. / Jansonius, J.N.
#2: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 1996
タイトル: Phosphoserine Aminotransferase from Bacillus Circulans Subsp. Alkalophilus: Purification, Gene Cloning and Sequencing
著者: Battchikova, N. / Himanen, J.-P. / Ahjolahti, M. / Korpela, T.
履歴
登録1998年9月2日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01998年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32016年2月10日Group: Database references / Structure summary
改定 1.42017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.52023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoserine aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0822
ポリマ－39,8351
非ポリマー2471
水1,76598
1
A: Phosphoserine aminotransferase
ヘテロ分子

A: Phosphoserine aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,1644
ポリマ－79,6702
非ポリマー4942
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area5730 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area27580 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)93.323, 92.876, 45.499
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.67, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Phosphoserine aminotransferase / EC 2.6.1.52 TRANSFERASE / Phosphohydroxythreonine aminotransferase / PSAT


分子量: 39834.895 Da / 分子数: 1 / 断片: ONE COMPLETE SUBUNIT / 変異: K3E / 由来タイプ: 天然
詳細: THE COFACTOR PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE IS COVALENTLY LINKED TO THE SIDE CHAIN OF LYS 197
由来: (天然) Bacillus circulans (バクテリア) / Variant: ALKALOPHILUS / 株: subsp. alkalophilus / 参照: UniProt: Q59196, phosphoserine transaminase
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細PLP MOLECULE IS COVALENTLY LINKED TO THE SIDE CHAIN OF LYS 197
配列の詳細MET 1 IS CLEAVED OFF IN A POST-TRANSLATIONAL PROCESS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化手法: macroseeding / pH: 4.6
詳細: CRYSTALLIZED AT ROOM TEMPERATURE FROM 0.1 M SODIUM ACETATE BUFFER, PH 4.6, 2-6% GLYCEROL, 2-4% PEG 20000, USING MACROSEEDING TECHNIQUES, macroseeding
Temp details: room temp

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年1月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→29.3 Å / Num. obs: 16466 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 19.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rsym value: 0.135 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.219 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Rsym value: 0.219 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BJN

1bjn


解像度: 2.3→29.3 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 843 5.1 %RANDOM
Rwork0.184 ---
obs0.184 16466 99.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 20.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.24 Å
Luzzati d res low-30 Å
Luzzati sigma a0.29 Å0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2800 0 15 98 2913
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.18
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.35 Å / Rfactor Rfree error: 0.047 / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.379 65 6.2 %
Rwork0.259 985 -
obs--94.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PTOPHCSDX.P
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOTOP
X-RAY DIFFRACTION3PLP.PAR_OPLP.TOP_O

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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