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万見
- PDB-1bry: BRYODIN TYPE I RIP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bry
タイトルBRYODIN TYPE I RIP
要素BRYODIN I
キーワードRIBOSOME-INACTIVATING PROTEIN / IMMUNOTOXIN / BRYODIN
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / defense response / toxin activity / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能
Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 ...Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily / Ribosome inactivating protein / Few Secondary Structures / Irregular / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribosome-inactivating protein bryodin I
類似検索 - 構成要素
生物種Bryonia dioica (植物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Klei, H.E. / Chang, C.Y.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Molecular, biological, and preliminary structural analysis of recombinant bryodin 1, a ribosome-inactivating protein from the plant Bryonia dioica.
著者: Gawlak, S.L. / Neubauer, M. / Klei, H.E. / Chang, C.Y. / Einspahr, H.M. / Siegall, C.B.
#1: ジャーナル: Bioconjug.Chem. / 年: 1994
タイトル: Characterization of Ribosome-Inactivating Proteins Isolated from Bryonia Dioica and Their Utility as Carcinoma-Reactive Immunoconjugates
著者: Siegall, C.B. / Gawlak, S.L. / Chace, D. / Wolff, E.A. / Mixan, B. / Marquardt, H.
履歴
登録1997年2月14日処理サイト: BNL
改定 1.01998年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
Y: BRYODIN I
Z: BRYODIN I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,4062
ポリマ－54,4062
非ポリマー00
水00
1
Y: BRYODIN I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2031
ポリマ－27,2031
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
Z: BRYODIN I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2031
ポリマ－27,2031
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.720, 77.563, 115.601
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.962022, -0.161317, -0.220205), (0.202716, -0.118052, 0.972096), (-0.182811, -0.979817, -0.080867)
ベクター: -18.81201, -2.78887, 120.38674)

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要素

#1: タンパク質 BRYODIN I


分子量: 27202.820 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1 - 247 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bryonia dioica (植物)
解説: CDNA SEQUENCE ISOLATED FROM BRYONIA DIOICA LEAF MRNA
器官: LEAF / プラスミド: PSE 13.0 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): LAMBDA DE3 / 参照: UniProt: P33185, rRNA N-glycosylase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
解説: TRICHOSANTHIN MODEL TRUNCATED WITH PROGRAM MUTATE (S.SHERIFF) TO SELECT COMMON ATOMS BASED ON SEQUENCE ALIGNMENT.
結晶化pH: 6
詳細: 0.1M MES (PH 6.0), 23% MEPEG5K, 0.2M AMMONIUM SULFATE, 0.1M LICL
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
一般名: PEG5000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年7月2日 / 詳細: MIRRORS
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→34 Å / Num. obs: 31074 / % possible obs: 89.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 25.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Mean I/σ(I) obs: 8.7 / % possible all: 68.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1TCS

1tcs


解像度: 2.1→8 Å / σ(F): 1
詳細: NCS RESTRAINTS BETWEEN THE TWO MOLECULES IN THE ASYMMETRIC UNIT WERE USED FOR THE FIRST TWO REFINEMENT CYCLES BUT WERE REMOVED FOR ALL SUBSEQUENT CYCLES WHEN RFREE WAS SHOWN TO DECREASE BY ...詳細: NCS RESTRAINTS BETWEEN THE TWO MOLECULES IN THE ASYMMETRIC UNIT WERE USED FOR THE FIRST TWO REFINEMENT CYCLES BUT WERE REMOVED FOR ALL SUBSEQUENT CYCLES WHEN RFREE WAS SHOWN TO DECREASE BY APPROXIMATELY THE SAME AMOUNT AS R WHEN THE RESTRAINTS WERE REMOVED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.298 -5 %RANDOM
Rwork0.237 ---
obs0.237 30733 88 %-
原子変位パラメータBiso mean: 13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3822 0 0 0 3822
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.9
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.9
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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