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- PDB-1bqs: THE CRYSTAL STRUCTURE OF MUCOSAL ADDRESSIN CELL ADHESION MOLECULE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bqs
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF MUCOSAL ADDRESSIN CELL ADHESION MOLECULE-1 (MADCAM-1)
要素PROTEIN (MUCOSAL ADDRESSIN CELL ADHESION MOLECULE-1)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / CELL ADHESION PROTEIN / MADCAM-1 / IMMUNOGLOBULIN FOLD / I-SET FOLD / CELL ADHESION GLYCOPROTEIN / INTEGRIN RECOGINITION
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of lymphocyte migration / integrin binding involved in cell-matrix adhesion / leukocyte tethering or rolling / heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of leukocyte migration / receptor clustering / Integrin cell surface interactions / cell-matrix adhesion / integrin-mediated signaling pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell ...positive regulation of lymphocyte migration / integrin binding involved in cell-matrix adhesion / leukocyte tethering or rolling / heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of leukocyte migration / receptor clustering / Integrin cell surface interactions / cell-matrix adhesion / integrin-mediated signaling pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / cell adhesion / immune response / signal transduction / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Adhesion molecule, immunoglobulin-like / Mucosal addressin cell adhesion molecule 1 / Adhesion molecule, immunoglobulin-like / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold ...Adhesion molecule, immunoglobulin-like / Mucosal addressin cell adhesion molecule 1 / Adhesion molecule, immunoglobulin-like / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mucosal addressin cell adhesion molecule 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Tan, K. / Casasnovas, J.M. / Liu, J.H. / Briskin, M.J. / Springer, T.A. / Wang, J.-H.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1998
タイトル: The structure of immunoglobulin superfamily domains 1 and 2 of MAdCAM-1 reveals novel features important for integrin recognition.
著者: Tan, K. / Casasnovas, J.M. / Liu, J.H. / Briskin, M.J. / Springer, T.A. / Wang, J.H.
#1: ジャーナル: J.Immunol. / 年: 1996
タイトル: Human Mucosal Addressin Cell Adhesion Molecule-1(Ma Demonstrates Structural and Functional Similarities Alpha4Beta7-Integrin Binding Domains of Murine Madc But Extreme Divergence of Mucin-Like Sequence
著者: Shyjan, A.M. / Bertagnolli, M. / Kenney, C.J. / Briskin, M.J.
#2: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1994
タイトル: Traffic Signals for Lymphocyte Recirculation and Le Emigration
著者: Springer, T.A.
履歴
登録1998年8月18日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (MUCOSAL ADDRESSIN CELL ADHESION MOLECULE-1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3392
ポリマ－22,1181
非ポリマー2211
水1,42379
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.760, 101.100, 70.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (MUCOSAL ADDRESSIN CELL ADHESION MOLECULE-1) / MADCAM-1


分子量: 22118.039 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR REGION WITH TWO IG-LIKE DOMAINS / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Cell: HEMATOPOIETIC AND ENDOTHELIAL CELLS / プラスミド: PBJ5-GS-MADCAM-1 / 参照: UniProt: Q13477
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細MUCOSAL ADDRESSIN CELL ADHESION MOLECULE-1 (MADCAM-1) IS IMPORTANT IN LYMPHOCYTE HOMING TO MUCOSAL ...MUCOSAL ADDRESSIN CELL ADHESION MOLECULE-1 (MADCAM-1) IS IMPORTANT IN LYMPHOCYTE HOMING TO MUCOSAL TISSUES. HUMAN MADCAM-1 CONTAINS TWO IG-LIKE DOMAINS, A MUCIN-LIKE REGION, A TRANSMEMBRANE DOMAIN AND A CYTOPLASMIC DOMAIN. IT HAS A UNIQUE DUAL FUNCTION AMONG ADHESION MOLECULES. IT BINDS THE INTEGRIN ALPHA4BETA7IG-LIKE DOMAINS, AND WHEN APPROPRIATE, O-GLYCOSYLATED MOLECULES BIND THROUGH ITS MUCIN-LIKE REGION. THE FIVE C-TERMINAL RESIDUES (PTSPE) FORM THE BEGINNING OF THE MUCIN-LIKE DOMAIN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PROTEIN SOLUTION:17 MG/ML. CRYSTALLIZATION SOLUTION: 10% PEG 400, 0.5M LI2SO4, PH 7.5-8.0., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
PH range low: 8 / PH range high: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 %PEG40001reservoir
20.5 M1reservoirLi2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年2月10日 / 詳細: DOUBLE FOCUSED MIRROR
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→15 Å / Num. obs: 11229 / % possible obs: 92.2 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 22.3
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.236 / Mean I/σ(I) obs: 6.4 / % possible all: 96.1
反射
*PLUS
Num. measured all: 87803

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4モデル構築
X-PLOR3.1精密化
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.2→15 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 -10 %RANDOM
Rwork0.223 ---
obs0.223 10955 92.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 44.5 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.43 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1552 0 14 79 1645
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.087
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.369 -10 %
Rwork0.327 1092 -
obs--95.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM3_MOD.CHOTOPH19.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.28
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 44.5 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 2.3 Å / Rfactor Rfree: 0.369 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rwork: 0.327

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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