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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bqr | ||||||
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タイトル | REDUCED PSEUDOAZURIN | ||||||
![]() | PSEUDOAZURIN | ||||||
![]() | ELECTRON TRANSPORT / CUPROPROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() electron transporter, transferring electrons from cytochrome b6/f complex of photosystem II activity / periplasmic space / copper ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Inoue, T. / Nishio, N. / Hamanaka, S. / Shimomura, T. / Harada, S. / Suzuki, S. / Kohzuma, T. / Shidara, S. / Iwasaki, H. / Kai, Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure determinations of oxidized and reduced pseudoazurins from Achromobacter cycloclastes. Concerted movement of copper site in redox forms with the rearrangement of ...タイトル: Crystal structure determinations of oxidized and reduced pseudoazurins from Achromobacter cycloclastes. Concerted movement of copper site in redox forms with the rearrangement of hydrogen bond at a remote histidine. 著者: Inoue, T. / Nishio, N. / Suzuki, S. / Kataoka, K. / Kohzuma, T. / Kai, Y. #1: ![]() タイトル: Crystal Structure Determinations of Oxidized and Reduced Pseudoazurin from Achromobacter Cycloclastes: A Redox-Induced Conformational Change Contains a Peptide Bond Flip #2: ![]() タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Studies on Pseudoazurin from Achromobacter Cycloclastes Iam1013 著者: Inoue, T. / Nishio, N. / Kai, Y. / Harada, S. / Ohshiro, Y. / Suzuki, S. / Kohzuma, T. / Shidara, S. / Iwasaki, H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 36.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 24.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 362.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 362.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13032.940 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: REDUCED BY ASCORBIC ACID 由来: (天然) ![]() 株: IAM1013 / 参照: UniProt: P19567 |
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#2: 化合物 | ChemComp-CU / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6 / 詳細: pH 6.0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Inoue, T., (1993) J.Biochem.(Tokyo), 114, 761. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年10月13日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→30 Å / Num. obs: 13287 / % possible obs: 90.4 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 16.97 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 10.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.141 / % possible all: 70.8 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 58870 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.6 Å / % possible obs: 70.8 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1PZA 解像度: 1.6→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT 詳細: ESTIMATED COORDINATE ERROR. ESD FROM LUZZATI PLOT (A) : 0.153
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原子変位パラメータ | Biso mean: 18.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.15 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→8 Å
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拘束条件 |
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