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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bp2 | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF BOVINE PANCREATIC PHOSPHOLIPASE A2 AT 1.7 ANGSTROMS RESOLUTION | ||||||
![]() | PHOSPHOLIPASE A2 | ||||||
![]() | HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() Acyl chain remodelling of PS / Acyl chain remodelling of PG / Synthesis of PA / Acyl chain remodelling of PC / Acyl chain remodelling of PE / Acyl chain remodelling of PI / positive regulation of podocyte apoptotic process / phosphatidylglycerol metabolic process / phosphatidylcholine metabolic process / calcium-dependent phospholipase A2 activity ...Acyl chain remodelling of PS / Acyl chain remodelling of PG / Synthesis of PA / Acyl chain remodelling of PC / Acyl chain remodelling of PE / Acyl chain remodelling of PI / positive regulation of podocyte apoptotic process / phosphatidylglycerol metabolic process / phosphatidylcholine metabolic process / calcium-dependent phospholipase A2 activity / phospholipase A2 / bile acid binding / arachidonic acid secretion / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / innate immune response in mucosa / phospholipid binding / fatty acid biosynthetic process / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / positive regulation of fibroblast proliferation / antibacterial humoral response / defense response to Gram-positive bacterium / signaling receptor binding / calcium ion binding / cell surface / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Dijkstra, B.W. / Kalk, K.H. / Hol, W.G.J. / Drenth, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of bovine pancreatic phospholipase A2 at 1.7A resolution. 著者: Dijkstra, B.W. / Kalk, K.H. / Hol, W.G. / Drenth, J. #1: ![]() タイトル: A Comparison of the Crystal Structures of Phospholipase A2 from Bovine Pancreas and Crotalus Atrox Venom 著者: Renetseder, R. / Brunie, S. / Dijkstra, B.W. / Drenth, J. / Sigler, P.B. #2: ![]() タイトル: Active Site and Catalytic Mechanism of Phospholipase A2 著者: Dijkstra, B.W. / Drenth, J. / Kalk, K.H. #4: ![]() タイトル: Three-Dimensional Structure and Disulfide Bond Connections in Bovine Pancreatic Phospholipase A2 著者: Dijkstra, B.W. / Drenth, J. / Kalk, K.H. / Vandermaelen, P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 35.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 27.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 390.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 397.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13810.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / | ||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | THE TYPE CLASSIFICATIONS GIVEN IN THE REMARK FIELD OF THE TURN RECORDS BELOW FOLLOWS THE ...THE TYPE CLASSIFICA | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.27 % |
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結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 39 % |
結晶化 | *PLUS 手法: unknown |
-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / Num. all: 13534 / Num. obs: 11596 / % possible obs: 85.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.025 |
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解析
ソフトウェア | 名称: AGARWAL バージョン: FAST-FOURIER TRANSFORM LEAST-SQUARES PROCEDURE 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | Rfactor Rwork: 0.171 / 最高解像度: 1.7 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1.7 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 10 Å / Rfactor obs: 0.171 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: o_bond_d / Dev ideal: 0.005 |