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- PDB-1bo4: CRYSTAL STRUCTURE OF A GCN5-RELATED N-ACETYLTRANSFERASE: SERRATIA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bo4
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A GCN5-RELATED N-ACETYLTRANSFERASE: SERRATIA MARESCENS AMINOGLYCOSIDE 3-N-ACETYLTRANSFERASE
要素PROTEIN (SERRATIA MARCESCENS AMINOGLYCOSIDE-3-N-ACETYLTRANSFERASE)
キーワードTRANSFERASE / AMINOGLYCOSIDE 3-N-ACETYLTRANSFERASE / EUBACTERIAL AMINOGLYCOSIDE RESISTANCE / GCN5-RELATED N-ACETYLTRANSFERASE / COA-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups
類似検索 - 分子機能
Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / SPERMIDINE / Aminoglycoside-(3)-N-acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Serratia marcescens (霊菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Wolf, E. / Vassilev, A. / Makino, Y. / Sali, A. / Nakatani, Y. / Burley, S.K.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of a GCN5-related N-acetyltransferase: Serratia marcescens aminoglycoside 3-N-acetyltransferase.
著者: Wolf, E. / Vassilev, A. / Makino, Y. / Sali, A. / Nakatani, Y. / Burley, S.K.
履歴
登録1998年8月8日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01998年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (SERRATIA MARCESCENS AMINOGLYCOSIDE-3-N-ACETYLTRANSFERASE)
B: PROTEIN (SERRATIA MARCESCENS AMINOGLYCOSIDE-3-N-ACETYLTRANSFERASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6565
ポリマ－36,9762
非ポリマー1,6803
水4,558253
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5100 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area13600 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)78.540, 102.260, 50.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.73, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.999954, 9.4E-5, 0.009258), (-3.2E-5, -0.999973, 0.007015), (0.009257, 0.007011, 0.999933)
ベクター: 32.1835, 126.8667, -0.6064)

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (SERRATIA MARCESCENS AMINOGLYCOSIDE-3-N-ACETYLTRANSFERASE)


分子量: 18487.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / Cell: EUBACTERIA / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: AACC1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q53396
#2: 化合物 ChemComp-SPD / SPERMIDINE / N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / PA(34) / スペルミジン


分子量: 145.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H19N3
#3: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: SITTING DROP, 4 DEGREES C, 3.5MG/ML PROTEIN + 5MM COA, 100MM TRIS-HCL PH7.8, 0.8% PEG4K, 18% T-BUTANOL, 20MM SRCL2, 7% DIOXANE, 5% 2,4-METHYLPENTANEDIOL, 40MM HEXANEDIOL, 10MM DITHIOTHREITOL, ...詳細: SITTING DROP, 4 DEGREES C, 3.5MG/ML PROTEIN + 5MM COA, 100MM TRIS-HCL PH7.8, 0.8% PEG4K, 18% T-BUTANOL, 20MM SRCL2, 7% DIOXANE, 5% 2,4-METHYLPENTANEDIOL, 40MM HEXANEDIOL, 10MM DITHIOTHREITOL, 2MM TRIS(2-CARBOXY- ETHYL)PHOSPHINE-HCL, 10MM SPERMIDINE, 2.5% GLYCEROL, vapor diffusion - sitting drop, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
13.5 mg/mlprotein1drop
25 mMCoA1drop
3100 mMTris-HCl1reservoir
40.8 %PEG40001reservoir
518 %t-butanol1reservoir
620 mM1reservoirSrCl2
77 %dioxane1reservoir
850 %MPD1reservoir
940 mMhexanediol1reservoir
1010 mMdithiothreitol1reservoir
112 mMtri(2-carboxyethyl)phosphine-HCl1reservoir
1210 mMspermidine1reservoir
132.5 %glycerol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F2 / 波長: 0.9793, 0.9703, 0.9668
検出器検出器: CCD / 日付: 1998年5月15日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97931
20.97031
30.96681
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 16291 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 27 Å2 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 7.2 % / Mean I/σ(I) obs: 6.4 / Rsym value: 0.093 / % possible all: 92.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 118408 / Rmerge(I) obs: 0.052
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92.9 % / Rmerge(I) obs: 0.093

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
CNS0.3C精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→15 Å / Data cutoff high rms absF: 10000 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 -10 %RANDOM
Rwork0.201 ---
obs0.201 15675 89.5 %-
溶媒の処理Bsol: 49.7 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 24.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.276 Å20 Å2-4.699 Å2
2--3.986 Å20 Å2
3----5.262 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2116 0 106 253 2475
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.41
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.71
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.131.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.7792
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.882
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5982.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.33 Å / Total num. of bins used: 31
Rfactor反射数%反射
Rfree0.232 -10 %
Rwork0.193 424 -
obs--92.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3COA_2.PARCOA_2.TOP
X-RAY DIFFRACTION4SPD.PARSPD.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.3C / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.71

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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