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- PDB-1bnl: ZINC DEPENDENT DIMERS OBSERVED IN CRYSTALS OF HUMAN ENDOSTATIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bnl
タイトルZINC DEPENDENT DIMERS OBSERVED IN CRYSTALS OF HUMAN ENDOSTATIN
要素COLLAGEN XVIII
キーワードEXTRACELLULAR MATRIX / ENDOSTATIN / COLLAGEN XVIII / COLLAGEN / ANTIANGIOGENIC / ANGIOGENIC / ANGIOGENISIS / CANCER / ZINC
機能・相同性
機能・相同性情報


Collagen chain trimerization / response to hydrostatic pressure / notochord development / extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength / Collagen biosynthesis and modifying enzymes / Laminin interactions / endothelial cell morphogenesis / collagen trimer / collagen fibril organization / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures ...Collagen chain trimerization / response to hydrostatic pressure / notochord development / extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength / Collagen biosynthesis and modifying enzymes / Laminin interactions / endothelial cell morphogenesis / collagen trimer / collagen fibril organization / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / Activation of Matrix Metalloproteinases / Collagen degradation / basement membrane / Integrin cell surface interactions / visual perception / skeletal system development / animal organ morphogenesis / angiogenesis / collagen-containing extracellular matrix / cell adhesion / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of cell population proliferation / endoplasmic reticulum lumen / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF959, collagen XVIII, N-terminal / Collagen alpha-1(XVIII) chain, frizzled domain / Collagen type XV/XVIII, trimerization domain / Domain of Unknown Function (DUF959) / Collagen trimerization domain / Collagenase NC10/endostatin / Collagenase NC10 and Endostatin / : / Thrombospondin N-terminal -like domains. / Frizzled ...Domain of unknown function DUF959, collagen XVIII, N-terminal / Collagen alpha-1(XVIII) chain, frizzled domain / Collagen type XV/XVIII, trimerization domain / Domain of Unknown Function (DUF959) / Collagen trimerization domain / Collagenase NC10/endostatin / Collagenase NC10 and Endostatin / : / Thrombospondin N-terminal -like domains. / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Collagen alpha-1(XVIII) chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Ding, Y.-H. / Javaherian, K. / Lo, K.-M. / Chopra, R. / Boehm, T. / Lanciotti, J. / Harris, B.A. / Li, Y. / Shapiro, R. / Hohenester, E. ...Ding, Y.-H. / Javaherian, K. / Lo, K.-M. / Chopra, R. / Boehm, T. / Lanciotti, J. / Harris, B.A. / Li, Y. / Shapiro, R. / Hohenester, E. / Timpl, R. / Folkman, J. / Wiley, D.C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1998
タイトル: Zinc-dependent dimers observed in crystals of human endostatin.
著者: Ding, Y.H. / Javaherian, K. / Lo, K.M. / Chopra, R. / Boehm, T. / Lanciotti, J. / Harris, B.A. / Li, Y. / Shapiro, R. / Hohenester, E. / Timpl, R. / Folkman, J. / Wiley, D.C.
履歴
登録1998年7月30日処理サイト: BNL
改定 1.01998年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COLLAGEN XVIII
B: COLLAGEN XVIII
C: COLLAGEN XVIII
D: COLLAGEN XVIII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,6108
ポリマ－78,3494
非ポリマー2624
水00
1
A: COLLAGEN XVIII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6532
ポリマ－19,5871
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: COLLAGEN XVIII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6532
ポリマ－19,5871
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: COLLAGEN XVIII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6532
ポリマ－19,5871
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: COLLAGEN XVIII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6532
ポリマ－19,5871
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.713, 74.266, 137.805
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.55, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.969256, -0.033237, 0.243799), (0.003878, -0.992775, -0.119928), (0.246023, -0.115296, 0.962382)46.67916, 42.61212, -3.29596
2given(0.999851, 0.004599, 0.01662), (0.004597, -0.99999, 0.000159), (0.016621, -8.2E-5, -0.999862)31.00356, 38.42128, 66.99419
3given(-0.97465, -0.021891, 0.22266), (0.003764, 0.993456, 0.114151), (-0.223702, 0.112096, -0.96819)78.53633, -4.21531, 70.21631

-
要素

#1: タンパク質
COLLAGEN XVIII


分子量: 19587.172 Da / 分子数: 4
断片: ENDOSTATIN, 20-KDA COLLAGEN XVIII C-TERMINAL GLOBULAR DOMAIN
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞内の位置: SECRETED / 遺伝子: COLLAGEN XVIII / プラスミド: PDCS-FC(D4K) / 発現宿主: NS/0 MURINE MYELOMA CELLS / 参照: UniProt: P39060
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化pH: 8.5 / 詳細: pH 8.5
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: drop solution was mixed with an equal volume of reservoir solution
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
220 mMTris-HCl1drop
3150 mM1reservoirNaCl
450 mMTris-HCl1reservoir
56 %PEG80001reservoir
61.5 M1reservoirNaCl
72 mM1reservoirMgCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.92
検出器検出器: CCD / 詳細: MIRRORS
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→25 Å / Num. obs: 19089 / % possible obs: 89.9 % / 冗長度: 2.9 % / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 6.4 / Rsym value: 0.138 / % possible all: 59
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.071
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 59 % / Num. unique obs: 1336 / Rmerge(I) obs: 0.138

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.8モデル構築
X-PLOR3.8精密化
X-PLOR3.8位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 1272 7.5 %RANDOM
Rwork0.24 ---
obs0.24 18175 89.9 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5528 0 4 0 5532
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.03
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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