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- PDB-1bmk: THE COMPLEX STRUCTURE OF THE MAP KINASE P38/SB218655 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bmk
タイトルTHE COMPLEX STRUCTURE OF THE MAP KINASE P38/SB218655
要素PROTEIN (MAP KINASE P38)
キーワードTRANSFERASE / INHIBITORS / MAP KINASE / SERINE/ THREONINE-PROTEIN KINASE / P38
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cyclase activity / stress-activated protein kinase signaling cascade / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / CD163 mediating an anti-inflammatory response / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / cartilage condensation ...positive regulation of cyclase activity / stress-activated protein kinase signaling cascade / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / CD163 mediating an anti-inflammatory response / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / cartilage condensation / DSCAM interactions / cellular response to UV-B / Platelet sensitization by LDL / mitogen-activated protein kinase p38 binding / positive regulation of myoblast fusion / positive regulation of muscle cell differentiation / negative regulation of hippo signaling / positive regulation of myotube differentiation / NFAT protein binding / Myogenesis / Activation of the AP-1 family of transcription factors / ERK/MAPK targets / glucose import / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / p38MAPK cascade / fatty acid oxidation / cellular response to lipoteichoic acid / MAP kinase kinase activity / response to dietary excess / response to muramyl dipeptide / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / MAP kinase activity / regulation of ossification / mitogen-activated protein kinase / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / signal transduction in response to DNA damage / positive regulation of myoblast differentiation / chondrocyte differentiation / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / stress-activated MAPK cascade / skeletal muscle tissue development / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / p38MAPK events / striated muscle cell differentiation / response to muscle stretch / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of brown fat cell differentiation / osteoclast differentiation / positive regulation of erythrocyte differentiation / DNA damage checkpoint signaling / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / cellular response to ionizing radiation / stem cell differentiation / positive regulation of glucose import / NOD1/2 Signaling Pathway / bone development / response to insulin / placenta development / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cell morphogenesis / platelet activation / cellular response to virus / VEGFA-VEGFR2 Pathway / spindle pole / positive regulation of protein import into nucleus / osteoblast differentiation / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / glucose metabolic process / chemotaxis / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / cellular senescence / cellular response to tumor necrosis factor / cellular response to lipopolysaccharide / peptidyl-serine phosphorylation / protein phosphatase binding / angiogenesis / Oxidative Stress Induced Senescence / secretory granule lumen / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / ficolin-1-rich granule lumen / transcription by RNA polymerase II / cell surface receptor signaling pathway / intracellular signal transduction / nuclear speck / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / glutamatergic synapse / apoptotic process / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-SB5 / Mitogen-activated protein kinase 14
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Wang, Z. / Canagarajah, B. / Boehm, J.C. / Kassis, S. / Cobb, M.H. / Young, P.R. / Abdel-Meguid, S. / Adams, J.L. / Goldsmith, E.J.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1998
タイトル: Structural basis of inhibitor selectivity in MAP kinases.
著者: Wang, Z. / Canagarajah, B.J. / Boehm, J.C. / Kassisa, S. / Cobb, M.H. / Young, P.R. / Abdel-Meguid, S. / Adams, J.L. / Goldsmith, E.J.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1995
タイトル: Pro-Inflammatory Cytokines and Environmental Stress Cause P38 Mitogen- Activated Protein Kinase Activation by Dual Phosphorylation on Tyrosine and Threonine
著者: Raingeaud, J. / Gupta, S. / Rogers, J.S. / Dickens, M. / Han, J. / Ulevitch, R.J. / Davis, R.J.
#2: ジャーナル: Science / 年: 1994
タイトル: A Map Kinase Targeted by Endotoxin and Hyperosmolarity in Mammalian Cells
著者: Han, J. / Lee, J.D. / Bibbs, L. / Ulevitch, R.J.
#3: ジャーナル: Nature / 年: 1994
タイトル: A Protein Kinase Involved in the Regulation of Inflammatory Cytokine Biosynthesis
著者: Lee, J.C. / Laydon, J.T. / Mcdonnell, P.C. / Gallagher, T.F. / Kumar, S. / Green, D. / Mcnulty, D. / Blumenthal, M.J. / Heys, J.R. / Landvatter, S.W. / Strickler, J.E. / Mclaughlin, M.M. / ...著者: Lee, J.C. / Laydon, J.T. / Mcdonnell, P.C. / Gallagher, T.F. / Kumar, S. / Green, D. / Mcnulty, D. / Blumenthal, M.J. / Heys, J.R. / Landvatter, S.W. / Strickler, J.E. / Mclaughlin, M.M. / Siemens, I.R. / Fisher, S.M. / Livi, G.P. / White, J.R. / Adams, J.L. / Young, P.R.
履歴
登録1998年7月23日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年2月1日Group: Structure summary
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (MAP KINASE P38)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6882
ポリマ－43,3781
非ポリマー3091
水1,69394
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.580, 85.220, 123.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (MAP KINASE P38) / MITOGEN ACTIVATED PROTEIN KINASE


分子量: 43378.312 Da / 分子数: 1 / 変異: 19 RESIDUES INSERTED AT N-TERMINUS / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SB218655 PYRIDINYLIMIDAZOLE / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: BL21 (DE3) / 解説: YES / プラスミド: PET15B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞株 (発現宿主): BL21(DE3) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q16539
#2: 化合物 ChemComp-SB5 / 4-(FLUOROPHENYL)-1-CYCLOPROPYLMETHYL-5-(2-AMINO-4-PYRIMIDINYL)IMIDAZOLE / 4-[1-(シクロプロピルメチル)-4-(4-フルオロフェニル)-1H-イミダゾ-ル-5-イル]-2-ピリミジンアミン


分子量: 309.341 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H16FN5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化pH: 7.4
詳細: 18% PEG 8000, 0.2M MG(OAC)2, 0.1M HEPES, PH7.0, pH 7.4
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
詳細: Wang, Z., (1997) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 94, 2327.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
250 mM1dropNaCl
31 mMEDTA1drop
410 mMdithiothreitol1drop
51 mMbenzamidine1drop
60.001 mMpepstasin1drop
70.01 mMleupeptin1drop
825 mMHEPES1drop
918 %PEG80001reservoir
100.2 M1reservoirMg(OAc)2
110.1 MHEPES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年3月3日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→35.1 Å / Num. obs: 19500 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.3 % / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 22.6
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Mean I/σ(I) obs: 6.9 / Rsym value: 0.201 / % possible all: 96
反射
*PLUS
Num. measured all: 200387 / Rmerge(I) obs: 0.05

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE(CCP4)位相決定
X-PLOR精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: MAP KINASE P38

解像度: 2.4→20 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 -10 %RANDOM
Rwork0.189 ---
obs0.189 19034 --
原子変位パラメータBiso mean: 41.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2833 0 23 94 2950
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.33
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.78
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.674
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLTOPH19.SOL
X-RAY DIFFRACTION3SB3_H.PARSB3_H.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 41.6 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.78
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.674

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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