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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bmg | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF BOVINE BETA2-MICROGLOBULIN | ||||||
![]() | BETA=2=-MICROGLOBULIN | ||||||
![]() | HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN / LACTOLLIN / MHC-I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN / LIGHT CHAIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / DAP12 signaling / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / Neutrophil degranulation / MHC class I protein complex / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex ...ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / DAP12 signaling / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / Neutrophil degranulation / MHC class I protein complex / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / immune response / lysosomal membrane / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Becker, J.W. / Reeke Junior, G.N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Three-dimensional structure of beta 2-microglobulin. 著者: Becker, J.W. / Reeke Jr., G.N. #1: ![]() タイトル: Complete Amino Acid Sequence of Bovine Beta2-Microglobulin 著者: Groves, M.L. / Greenberg, R. #2: ![]() タイトル: Crystallographic Studies of Bovine Beta2-Microglobulin 著者: Becker, J.W. / Ziffer, J.A. / Edelman, G.M. / Cunningham, B.A. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET ONE OF THE TWO BETA-SHEETS OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE ...SHEET ONE OF THE TWO BETA-SHEETS OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. STRANDS 1, 2, 3 OF S1 AND S2 ARE IDENTICAL. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 32.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 25.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 407 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 409.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO 32 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11653.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.04 % |
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結晶化 | *PLUS 手法: microdialysis詳細: Becker, J.W., (1977) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 74, 3345. PH range low: 8.5 / PH range high: 7 |
溶液の組成 | *PLUS 濃度: 0.05-0.005 M / 一般名: sodium phosphate |
-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | 検出器: FILM / 日付: 1985 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.34→48 Å / Num. obs: 3960 / % possible obs: 65 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 18.4 % / Rmerge(I) obs: 0.0943 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.0943 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.5→5 Å / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 30 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→5 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.2909 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |