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万見
- PDB-1bm8: DNA-BINDING DOMAIN OF MBP1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bm8
タイトルDNA-BINDING DOMAIN OF MBP1
要素TRANSCRIPTION FACTOR MBP1
キーワードCELL CYCLE / CYCLINS / DNA SYNTHESIS / HELIX-TURN-HELIX DNA-BINDING DOMAIN / MULTIWAVELENGTH ANOMALOUS DIFFRACTION / TRANSCRIPTION FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


SBF transcription complex / MBF transcription complex / G1/S transition of mitotic cell cycle / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
Transcription regulator HTH, APSES-type DNA-binding domain / KilA-N domain / Transcription regulator HTH, APSES-type DNA-binding domain / KilA, N-terminal/APSES-type HTH, DNA-binding / HTH APSES-type DNA-binding domain superfamily / APSES-type HTH DNA-binding domain profile. / KilA-N / Mlu1-box Binding Protein; DNA-binding Domain / Ankyrin repeats (many copies) / Ankyrin repeat ...Transcription regulator HTH, APSES-type DNA-binding domain / KilA-N domain / Transcription regulator HTH, APSES-type DNA-binding domain / KilA, N-terminal/APSES-type HTH, DNA-binding / HTH APSES-type DNA-binding domain superfamily / APSES-type HTH DNA-binding domain profile. / KilA-N / Mlu1-box Binding Protein; DNA-binding Domain / Ankyrin repeats (many copies) / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription factor MBP1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.71 Å
データ登録者Xu, R.-M. / Koch, C. / Liu, Y. / Horton, J.R. / Knapp, D. / Nasmyth, K. / Cheng, X.
引用ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: Crystal structure of the DNA-binding domain of Mbp1, a transcription factor important in cell-cycle control of DNA synthesis.
著者: Xu, R.M. / Koch, C. / Liu, Y. / Horton, J.R. / Knapp, D. / Nasmyth, K. / Cheng, X.
履歴
登録1998年7月29日処理サイト: BNL
改定 1.01999年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSCRIPTION FACTOR MBP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4871
ポリマ－11,4871
非ポリマー00
水1,49583
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.350, 43.350, 124.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 TRANSCRIPTION FACTOR MBP1 / MCB (MLUI CELL-CYLE BOX) BINDING PROTEIN


分子量: 11487.209 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL DNA-BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
細胞株: BL21 / プラスミド: BL21 (DE3) PLYSS/PET43 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) PLYSS / 参照: UniProt: P39678
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 34 %
結晶化pH: 8 / 詳細: pH 8.0
結晶化
*PLUS
温度: 16 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: drop contains equal volume of protein and reservoir solutions
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
2300 mM1dropNaCl
350 mMsodium phosphate1drop
470 %satsodium citrate1reservoir
5100 mMimidazole1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 289 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.96 / 波長: 0.96, 1.54
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年6月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.961
21.541
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. obs: 12811 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 1.71→1.78 Å / % possible all: 34
反射
*PLUS
Num. measured all: 68232
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 34 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASES位相決定
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 1.71→5 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / σ(F): 0
詳細: ISOTROPIC THERMAL FACTOR RESTRAINTS: 36. (A**2) FOR MAIN-CHAIN BONDS AND 40.3 (A**2) FOR SIDE-CHAIN BONDS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 -10 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs0.197 10273 93.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 36 Å2
Refine analyzeLuzzati d res low obs: 5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.71→5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数812 0 0 66 878
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.11
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.98
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.71→1.78 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 -10 %
Rwork0.402 535 -
obs--34.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.98
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.402

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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