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万見
- PDB-1blx: P19INK4D/CDK6 COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1blx
タイトルP19INK4D/CDK6 COMPLEX
要素
  • CYCLIN-DEPENDENT KINASE 6
  • P19INK4D
キーワードCOMPLEX (INHIBITOR PROTEIN/KINASE) / INHIBITOR PROTEIN / CYCLIN-DEPENDENT KINASE / CELL CYCLE CONTROL / ALPHA/BETA / COMPLEX (INHIBITOR PROTEIN-KINASE) / COMPLEX (INHIBITOR PROTEIN-KINASE) complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclin D2-CDK6 complex / cyclin D2-CDK4 complex / cell dedifferentiation / Drug-mediated inhibition of CDK4/CDK6 activity / Evasion of Oncogene Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 / Evasion of Oxidative Stress Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 / FBXO family protein binding / autophagic cell death / lateral ventricle development / negative regulation of cell cycle G1/S phase transition ...cyclin D2-CDK6 complex / cyclin D2-CDK4 complex / cell dedifferentiation / Drug-mediated inhibition of CDK4/CDK6 activity / Evasion of Oncogene Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 / Evasion of Oxidative Stress Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 / FBXO family protein binding / autophagic cell death / lateral ventricle development / negative regulation of cell cycle G1/S phase transition / negative regulation of myeloid cell differentiation / type B pancreatic cell development / negative regulation of monocyte differentiation / astrocyte development / dentate gyrus development / negative regulation of phosphorylation / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase inhibitor activity / response to vitamin D / gliogenesis / regulation of cell motility / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / positive regulation of cell-matrix adhesion / generation of neurons / DNA synthesis involved in DNA repair / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / negative regulation of cellular senescence / negative regulation of cell differentiation / negative regulation of cell cycle / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / hematopoietic stem cell differentiation / negative regulation of osteoblast differentiation / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / response to UV / response to retinoic acid / Notch signaling pathway / ruffle / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / cyclin binding / : / sensory perception of sound / response to virus / regulation of erythrocyte differentiation / Oncogene Induced Senescence / negative regulation of cell growth / G1/S transition of mitotic cell cycle / Cyclin D associated events in G1 / negative regulation of epithelial cell proliferation / positive regulation of fibroblast proliferation / T cell differentiation in thymus / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / regulation of gene expression / Oxidative Stress Induced Senescence / regulation of cell cycle / cell cycle / negative regulation of cell population proliferation / cell division / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / centrosome / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cyclin-dependent kinase 6 / Ankyrin repeat-containing domain / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat ...Cyclin-dependent kinase 6 / Ankyrin repeat-containing domain / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclin-dependent kinase 6 / Cyclin-dependent kinase 4 inhibitor D
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Brotherton, D.H. / Dhanaraj, V. / Wick, S. / Brizuela, L. / Domaille, P.J. / Volyanik, E. / Xu, X. / Parisini, E. / Smith, B.O. / Archer, S.J. ...Brotherton, D.H. / Dhanaraj, V. / Wick, S. / Brizuela, L. / Domaille, P.J. / Volyanik, E. / Xu, X. / Parisini, E. / Smith, B.O. / Archer, S.J. / Serrano, M. / Brenner, S.L. / Blundell, T.L. / Laue, E.D.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of the complex of the cyclin D-dependent kinase Cdk6 bound to the cell-cycle inhibitor p19INK4d.
著者: Brotherton, D.H. / Dhanaraj, V. / Wick, S. / Brizuela, L. / Domaille, P.J. / Volyanik, E. / Xu, X. / Parisini, E. / Smith, B.O. / Archer, S.J. / Serrano, M. / Brenner, S.L. / Blundell, T.L. / Laue, E.D.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1998
タイトル: Erratum. Crystal Structure of the Complex of the Cyclin D-Dependent Kinase Cdk6 Bound to the Cell-Cycle Inhibitor P19Ink4D
著者: Brotherton, D.H. / Dhanaraj, V. / Wick, S. / Brizuela, L. / Domaille, P.J. / Volyanik, E. / Xu, X. / Parisini, E. / Smith, B.O. / Archer, S.J. / Serrano, M. / Brenner, S.L. / Blundell, T.L. / Laue, E.D.
履歴
登録1998年7月21日処理サイト: BNL
改定 1.01999年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model ...database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 6
B: P19INK4D
A: CALCIUM ION
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,8603
ポリマ－54,8202
非ポリマー401
水5,296294
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1810 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area21750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.210, 76.410, 93.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CYCLIN-DEPENDENT KINASE 6


分子量: 36987.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: SF9 / プラスミド: GST FUSION PLASMID / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q00534
#2: タンパク質 P19INK4D


分子量: 17832.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: SF9 / プラスミド: GST FUSION PLASMID / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q60773
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.27 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
16 %PEG80001reservoir
20.1 MMES1reservoir
30.1 Mcadmium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 279 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.9475
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1998年2月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9475 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→18.54 Å / Num. obs: 41965 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.213 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Rsym value: 0.327 / % possible all: 97.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 166218

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1HCK AND 1AP7

1hck

1ap7


解像度: 1.9→18.54 Å / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 -5 %
Rwork0.2 --
obs-41965 98.5 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→18.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3565 0 1 294 3860
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.024
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg2.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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