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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bkw | ||||||
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タイトル | p-Hydroxybenzoate hydroxylase (phbh) mutant with cys116 replaced by ser (c116s) and arg44 replaced by lys (r44k), in complex with fad and 4-hydroxybenzoic acid | ||||||
![]() | PROTEIN (P-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE) | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / HYDROXYBENZOATE | ||||||
機能・相同性 | ![]() 4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase (NADPH) activity / 4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase / 4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase activity / benzoate catabolic process via hydroxylation / FAD binding / flavin adenine dinucleotide binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Eppink, M.H. / Schreuder, H.A. / Van Berkel, W.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure and function of mutant Arg44Lys of 4-hydroxybenzoate hydroxylase implications for NADPH binding. 著者: Eppink, M.H. / Schreuder, H.A. / Van Berkel, W.J. #1: ![]() タイトル: Crystal Structure of P-Hydroxybenzoate Hydroxylase Reconstituted with the Modified FAD Present in Alcohol Oxidase from Methyloprophic Yeasts: Evidence for an Arabinoflavin 著者: Van Berkel, W.J. / Eppink, M.H. / Schreuder, H.A. #2: ![]() タイトル: Crystal Structures of Wild-Type p-Hydroxybenzoate Hydroxylase Complexed with 4- Aminobenzoate, 2,4-Dihydroxybenzoate, and 2-Hydroxy-4-Aminobenzoate and the Tyr222Ala Mutant Complexed ...タイトル: Crystal Structures of Wild-Type p-Hydroxybenzoate Hydroxylase Complexed with 4- Aminobenzoate, 2,4-Dihydroxybenzoate, and 2-Hydroxy-4-Aminobenzoate and the Tyr222Ala Mutant Complexed with 2-Hydroxy-4-Aminobenzoate. Evidence for a Proton Channel and a New Binding Mode of the Flavin Ring 著者: Schreuder, H.A. / Mattevi, A. / Obmolova, G. / Kalk, K.H. / Hol, W.G. / Van Der Bolt, F.J. / Van Berkel, W.J. #3: ![]() タイトル: Crystal Structure of the Reduced Form of P-Hydroxybenzoate Hydroxylase Refined at 2.3 Angstroms Resolution 著者: Schreuder, H.A. / Van Der Laan, J.M. / Swarte, M.B. / Kalk, K.H. / Hol, W.G. / Drenth, J. #4: ![]() タイトル: Engineering of the Microheterogeneity-Resistant P-Hydroxybenzoate Hydroxylase from Pseudomonas Fluorescens 著者: Eschrich, K. / Van Berkel, W.J. / Westphal, A.H. / De Kok, A. / Mattevi, A. / Obmolova, G. / Kalk, H. / Hol, W.G. #5: ![]() タイトル: Crystal Structure of the P-Hydroxybenzoate Hydroxylase-Substrate Complex Refined at 1.9 Angstroms Resolution. Analysis of the Enzyme-Substrate and Enzyme-Product Complexes 著者: Schreuder, H.A. / Prick, P.A. / Wierenga, R.K. / Vriend, G. / Wilson, K.S. / Hol, W.G. / Drenth, J. #6: ![]() タイトル: The Coenzyme Analogue Adenosine 5-Diphosphoribose Displaces FAD in the Active Site of P-Hydroxybenzoate Hydroxylase. An X-Ray Crystallographic Investigation 著者: Van Der Laan, J.M. / Schreuder, H.A. / Swarte, M.B. / Wierenga, R.K. / Kalk, K.H. / Hol, W.G. / Drenth, J. #7: ![]() タイトル: Crystal Structure of P-Hydroxybenzoate Hydroxylase Complexed with its Reaction Product 3,4-Dihydroxybenzoate 著者: Schreuder, H.A. / Van Der Laan, J.M. / Hol, W.G. / Drenth, J. #8: ![]() タイトル: Crystal Structure of P-Hydroxybenzoate Hydroxylase 著者: Wierenga, R.K. / De Jong, R.J. / Kalk, K.H. / Hol, W.G. / Drenth, J. #9: ![]() タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Investigation of P-Hydroxybenzoate Hydroxylase from Pseudomonas Fluorescens 著者: Drenth, J. / Hol, W.G.J. / Wierenga, R.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 100.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 74.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 719.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 725.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1pbeS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44336.492 Da / 分子数: 1 / 変異: R44K, C116S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-FAD / |
#3: 化合物 | ChemComp-PHB / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7 詳細: 39% AMMONIUMSULFATE, 100 MM SODIUM PHOSPHATE, 0.04 MM FAD, 0.15 MM EDTA, 60 MM SODIUM SULFITE, 1 MM P-HYDROXYBENZOATE, pH 7.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1994年11月15日 / 詳細: COLLIMATOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→8 Å / Num. obs: 23336 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 12 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 92992 / Rmerge(I) obs: 0.068 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1PBE 解像度: 2.2→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 28.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→8 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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拘束条件 | *PLUS
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