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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bkm | ||||||
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タイトル | COCRYSTAL STRUCTURE OF D-AMINO ACID SUBSTITUTED PHOSPHOPEPTIDE COMPLEX | ||||||
![]() | PP60 V-SRC TYROSINE KINASE TRANSFORMING PROTEIN | ||||||
![]() | TRANSFORMING PROTEIN / V-SRC SH2 DOMAIN / PHOSPHOTYROSINE RECOGNITION DOMAIN / PP60 SRC SH2 DOMAIN / TRIPEPTIDE / D-AMINO ACID | ||||||
機能・相同性 | ![]() osteoclast development / progesterone receptor signaling pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / bone resorption / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / epidermal growth factor receptor signaling pathway / cell adhesion ...osteoclast development / progesterone receptor signaling pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / bone resorption / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / epidermal growth factor receptor signaling pathway / cell adhesion / phosphorylation / innate immune response / signaling receptor binding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Holland, D.R. / Rubin, J.R. | ||||||
![]() | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1997 タイトル: Structure-Based Design of a Novel Series of Nonpeptide Ligands that Bind to the Pp60Src Sh2 Domain 著者: Holland, D.R. / Lunney, E.A. / Plummer, M.S. / Mueller, W.T. / Mcconnell, P. / Pavlovsky, A. / Para, K.S. / Shahripour, A. / Humblet, C. / Sawyer, T.K. / Rubin, J.R. #1: ![]() タイトル: Binding of a High Affinity Phosphotyrosyl Peptide to the Src Sh2 Domain: Crystal Structures of the Complexed and Peptide-Free Forms 著者: Waksman, G. / Shoelson, S.E. / Pant, N. / Cowburn, D. / Kuriyan, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 43.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 29.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 686.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 690.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1spsS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12821.392 Da / 分子数: 1 / 断片: DOMAIN / 変異: INS(G0,S1), INS(EFIVTD) AT C-TERMINUS / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 属: Alpharetrovirus / 株: SCHMIDT-RUPPIN STRAIN A / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-1C5 / [[ |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | G-S ARE NOT NATURAL SEQUENCE - BYPRODUCT OF CLONING E-F-I-V-T-D NOT NATURAL SEQUENCE - BYPRODUCT OF CLONING |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.22 % / 解説: WAKSMAN AND KURIYAN SRC SH2 STRUCTURE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 5% PEG 6K, 0.1M TRIS, PH 8, SITTING DROP EXPERIMENT, PROTEIN 50 MG/ML, INHIBITOR 4 MG/ML, 4:4:2 RATIO (WELL:PROT:INHIB), pH 8.0, vapor diffusion - sitting drop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 4 micro litter of protein solution was mixed with 2 micro litter of 5 solution and 4 micro litter of reservoir solution | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年7月1日 |
放射 | モノクロメーター: CU FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→25 Å / Num. obs: 6768 / % possible obs: 88.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 21.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 14.4 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.12 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.317 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 71.9 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 71.9 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PROTEIN MODEL FROM 1SPS 解像度: 2→8 Å / 交差検証法: R-FREE / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 20.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.1 Å / Total num. of bins used: 8
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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