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万見
- PDB-1bkj: NADPH:FMN OXIDOREDUCTASE FROM VIBRIO HARVEYI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bkj
タイトルNADPH:FMN OXIDOREDUCTASE FROM VIBRIO HARVEYI
要素NADPH-FLAVIN OXIDOREDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / LUMINESCENCE / NADP / FLAVOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


FMN reductase (NADPH) / FMN reductase (NAD(P)H) activity / FMN reductase (NADPH) activity / bioluminescence
類似検索 - 分子機能
Flavin oxidoreductase Frp family / NADH Oxidase / NADH Oxidase / Nitroreductase / Nitroreductase family / Nitroreductase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / PHOSPHATE ION / NADPH-flavin oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio harveyi (バクテリア)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Tanner, J.J. / Lei, B. / TU, S.-C. / Krause, K.L.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Flavin reductase P: structure of a dimeric enzyme that reduces flavin.
著者: Tanner, J.J. / Lei, B. / Tu, S.C. / Krause, K.L.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Crystallization and Preliminary Crystallographic Analysis of Nadph:Fmn Oxidoreductase from Vibrio Harveyi
著者: Tanner, J. / Lei, B. / Liu, M. / TU, S.C. / Krause, K.L.
履歴
登録1998年7月8日処理サイト: BNL
置き換え1999年1月13日ID: 1CUM
改定 1.01999年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADPH-FLAVIN OXIDOREDUCTASE
B: NADPH-FLAVIN OXIDOREDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7706
ポリマ－52,6672
非ポリマー1,1034
水1,928107
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11440 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area15880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.200, 85.900, 58.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.30, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.351799, -0.317456, -0.880601), (-0.321054, -0.924595, 0.205055), (-0.879296, 0.210583, -0.427193)
ベクター: 16.6385, 13.3252, 20.7709)

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要素

#1: タンパク質 NADPH-FLAVIN OXIDOREDUCTASE / FLAVIN REDUCTASE P / FRP / FMN REDUCTASE / NADPH\:FMN OXIDOREDUCTASE


分子量: 26333.619 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio harveyi (バクテリア) / 株: JM109 / 遺伝子: VIBRIO HARVEYI NADPH\:FMN OXIDOREDUCTASE / プラスミド: PFRP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109
参照: UniProt: Q56691, 酸化還元酵素; その他が電子受容体
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.0
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
130 %PEG60001reservoir
20.1 MHEPES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年10月10日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→28 Å / Num. obs: 36163 / % possible obs: 82 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.043
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / % possible all: 40.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 117092
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 40.7 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
R-AXISデータ削減
R-AXISデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.8→28 Å / Data cutoff low absF: 1.3 / 交差検証法: THROUGHOUT
詳細: FMN, PO4 AND WATER PARAMETERS FROM X-PLOR 3.1 DISTRIBUTION
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.207 3540 10 %RANDOM
Rwork0.175 ---
obs0.175 35684 82 %-
原子変位パラメータBiso mean: 19.5 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3385 0 72 107 3564
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d22.8
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM11.DNATOPOLOGY.FMN
X-RAY DIFFRACTION3PARAM.FMN
X-RAY DIFFRACTION4PARAM11.WAT
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg22.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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