+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bj5 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | HUMAN SERUM ALBUMIN COMPLEXED WITH MYRISTIC ACID | ||||||
![]() | HUMAN SERUM ALBUMIN | ||||||
![]() | PLASMA PROTEIN / METAL-BINDING / LIPID-BINDING | ||||||
機能・相同性 | ![]() cellular response to calcium ion starvation / exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME ...cellular response to calcium ion starvation / exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME / antioxidant activity / toxic substance binding / small molecule binding / Scavenging of heme from plasma / Recycling of bile acids and salts / cellular response to starvation / platelet alpha granule lumen / fatty acid binding / Post-translational protein phosphorylation / Cytoprotection by HMOX1 / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / pyridoxal phosphate binding / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / blood microparticle / copper ion binding / endoplasmic reticulum lumen / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Curry, S. / Mandelkow, H. / Brick, P. / Franks, N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of human serum albumin complexed with fatty acid reveals an asymmetric distribution of binding sites. 著者: Curry, S. / Mandelkow, H. / Brick, P. / Franks, N. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 119.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 98.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 430 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 448 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 66571.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-MYR / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % 解説: THESE DATA WERE OBTAINED BY MERGING A 2.76 ANGSTROM DATA SET (97.9% COMPLETE) RECORDED ON HAMBURG BEAMLINE BW7A WITH A 2.5 ANGSTROM DATASET (65.1% COMPLETE) RECORDED ON BEAMLINE 9.5 AT ...解説: THESE DATA WERE OBTAINED BY MERGING A 2.76 ANGSTROM DATA SET (97.9% COMPLETE) RECORDED ON HAMBURG BEAMLINE BW7A WITH A 2.5 ANGSTROM DATASET (65.1% COMPLETE) RECORDED ON BEAMLINE 9.5 AT DARESBURY. THE ABOVE STATISTICS ARE FOR THE MERGED DATA SET. | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 手法: vapor diffusion - sitting drop with streak, macroseeding pH: 7.5 詳細: CRYSTALS WERE OBTAINED BY VAPOUR DIFFUSION USING THE SITTING DROP TECHNIQUE. EQUAL VOLUMES OF HSA-MYRISTIC ACID COMPLEX (100 MG/ML) WERE MIXED WITH A RESERVOIR SOLUTION CONSISTING OF 25-30% ...詳細: CRYSTALS WERE OBTAINED BY VAPOUR DIFFUSION USING THE SITTING DROP TECHNIQUE. EQUAL VOLUMES OF HSA-MYRISTIC ACID COMPLEX (100 MG/ML) WERE MIXED WITH A RESERVOIR SOLUTION CONSISTING OF 25-30% (W/ V) POLYETHYLENE GLYCOL 3350, 50MM POTASSIUM PHOSPHATE PH 7.5. CRYSTALS GREW SPONTANEOUSLY AS CLUSTERS OF RODS. STREAK AND MACROSEEDING WERE USED TO INCREASE CRYSTAL YIELD. CRYSTALS WERE HARVESTED INTO 31% (W/V) PEG 3350, 50MM POTASSIUM PHOSPHATE PH 7.5 CONTAINING 0.1 MM MYRISTIC ACID., vapor diffusion - sitting drop with streak and macroseeding | ||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年4月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.2 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 21836 / % possible obs: 90.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 5.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.225 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.225 / % possible all: 65 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 65 % |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 51.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati d res low obs: 20 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.61 Å / Rfactor Rfree error: 0.046 / Total num. of bins used: 8
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.2792 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.41 |