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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1biy | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF DIFERRIC BUFFALO LACTOFERRIN | ||||||
![]() | LACTOFERRIN | ||||||
![]() | IRON-BINDING PROTEIN / IRON BINDING PROTEIN / LACTOFERRIN / ANTIBACTERIAL | ||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of tumor necrosis factor (ligand) superfamily member 11 production / negative regulation of single-species biofilm formation in or on host organism / positive regulation of bone mineralization involved in bone maturation / negative regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / specific granule / negative regulation of osteoclast development / antifungal humoral response / positive regulation of chondrocyte proliferation / regulation of tumor necrosis factor production / bone morphogenesis ...negative regulation of tumor necrosis factor (ligand) superfamily member 11 production / negative regulation of single-species biofilm formation in or on host organism / positive regulation of bone mineralization involved in bone maturation / negative regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / specific granule / negative regulation of osteoclast development / antifungal humoral response / positive regulation of chondrocyte proliferation / regulation of tumor necrosis factor production / bone morphogenesis / positive regulation of osteoblast proliferation / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / positive regulation of osteoblast differentiation / regulation of cytokine production / ossification / innate immune response in mucosa / recycling endosome / iron ion transport / antibacterial humoral response / early endosome / iron ion binding / serine-type endopeptidase activity / negative regulation of apoptotic process / proteolysis / extracellular space / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Karthikeyan, S. / Yadav, S. / Singh, T.P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of buffalo lactoferrin at 3.3 A resolution at 277 K. 著者: Karthikeyan, S. / Yadav, S. / Paramasivam, M. / Srinivasan, A. / Singh, T.P. #1: ![]() タイトル: Three-Dimensional Structure of Diferric Bovine Lactoferrin at 2.8 A Resolution 著者: Moore, S.A. / Anderson, B.F. / Groom, C.R. / Haridas, M. / Baker, E.N. #2: ![]() タイトル: Purification, Crystallization, and X-Ray Diffraction Studies of Lactotransferrin from Buffalo Colostrum 著者: Raman, A. / Bhatia, K.L. / Singh, T.P. / Srinivasan, A. / Betzel, C. / Malik, R.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 130.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 101.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 384.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 437.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 75862.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() | ||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.3 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8 / 詳細: pH 8.0 | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 277 K / 手法: microdialysis | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 288 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年5月1日 / 詳細: PINHOLE |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.37→17 Å / Num. obs: 11711 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.68 % / Biso Wilson estimate: 26.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0507 / Rsym value: 0.0507 / Net I/σ(I): 34.47 |
反射 シェル | 解像度: 3.37→3.58 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.135 / Mean I/σ(I) obs: 13.35 / Rsym value: 0.135 / % possible all: 97.6 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 3.3 Å / % possible obs: 98.5 % / Num. measured all: 42104 / Rmerge(I) obs: 0.051 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 3.3 Å / 最低解像度: 3.5 Å / % possible obs: 60 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: HUMAN DIFERRIC LACTOFERRIN 解像度: 3.37→17 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: A POSTERIORI / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 32.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.36 Å / Luzzati d res low obs: 17 Å / Luzzati sigma a obs: 0.28 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.37→17 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.37→3.58 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file | Serial no: 1 / Param file: PARHCSDX.PRO / Topol file: TOPHCSDX.PRO | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 11711 / Rfactor Rfree: 0.296 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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