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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bib | ||||||
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タイトル | THE E. COLI BIOTIN HOLOENZYME SYNTHETASE(SLASH)BIO REPRESSOR CRYSTAL STRUCTURE DELINEATES THE BIOTIN AND DNA-BINDING DOMAINS | ||||||
![]() | BIR A | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION REGULATION | ||||||
機能・相同性 | ![]() biotin metabolic process / biotin-[biotin carboxyl-carrier protein] ligase / biotin--[biotin carboxyl-carrier protein] ligase activity / biotin biosynthetic process / biotin binding / transcription repressor complex / protein modification process / nucleic acid binding / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription ...biotin metabolic process / biotin-[biotin carboxyl-carrier protein] ligase / biotin--[biotin carboxyl-carrier protein] ligase activity / biotin biosynthetic process / biotin binding / transcription repressor complex / protein modification process / nucleic acid binding / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / DNA binding / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Wilson, K.P. / Shewchuk, L.M. / Matthews, B.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Escherichia coli biotin holoenzyme synthetase/bio repressor crystal structure delineates the biotin- and DNA-binding domains. 著者: Wilson, K.P. / Shewchuk, L.M. / Brennan, R.G. / Otsuka, A.J. / Matthews, B.W. #1: ![]() タイトル: Crystallization of the Bifunctional Biotin Operon Repressor 著者: Brennan, R.G. / Vasu, S. / Matthews, B.W. / Otsuka, A.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 68.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 50.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 435 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 457.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO 174 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35351.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 参照: UniProt: P06709, biotin-[biotin carboxyl-carrier protein] ligase |
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#2: 化合物 | ChemComp-BTN / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | RESIDUES 116 - 118 BECOME LOCALIZED UPON BIOTIN BINDING. |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.45 % |
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
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解析
ソフトウェア | 名称: TNT / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | Rfactor obs: 0.173 / 最高解像度: 2.8 Å 詳細: IN BIOTINYLATED LYSINE, ONLY THE BIOTIN PORTION OF THE MOLECULE CAN BE SEEN IN ELECTRON DENSITY MAP. | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.8 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / Rfactor obs: 0.173 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |