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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bia | ||||||
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タイトル | THE E. COLI BIOTIN HOLOENZYME SYNTHETASE(SLASH)BIO REPRESSOR CRYSTAL STRUCTURE DELINEATES THE BIOTIN AND DNA-BINDING DOMAINS | ||||||
要素 | BirA BIFUNCTIONAL PROTEIN | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION REGULATION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 biotin metabolic process / biotin-[biotin carboxyl-carrier protein] ligase / biotin-[acetyl-CoA-carboxylase] ligase activity / biotin biosynthetic process / biotin binding / transcription repressor complex / protein modification process / nucleic acid binding / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription ...biotin metabolic process / biotin-[biotin carboxyl-carrier protein] ligase / biotin-[acetyl-CoA-carboxylase] ligase activity / biotin biosynthetic process / biotin binding / transcription repressor complex / protein modification process / nucleic acid binding / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / DNA binding / ATP binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Wilson, K.P. / Shewchuk, L.M. / Matthews, B.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1992 タイトル: Escherichia coli biotin holoenzyme synthetase/bio repressor crystal structure delineates the biotin- and DNA-binding domains. 著者: Wilson, K.P. / Shewchuk, L.M. / Brennan, R.G. / Otsuka, A.J. / Matthews, B.W. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1989 タイトル: Crystallization of the Bifunctional Biotin Operon Repressor 著者: Brennan, R.G. / Vasu, S. / Matthews, B.W. / Otsuka, A.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1bia.cif.gz | 67.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1bia.ent.gz | 50.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1bia.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bi/1bia ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bi/1bia | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO 174 |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35351.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P06709, biotin-[biotin carboxyl-carrier protein] ligase |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.52 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 70 % / Rmerge(I) obs: 0.075 |
-解析
ソフトウェア | 名称: TNT / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | Rfactor obs: 0.19 / 最高解像度: 2.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.3 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 20 Å / Rfactor obs: 0.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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