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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bi0 | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF APO-AND HOLO-DIPHTHERIA TOXIN REPRESSOR | ||||||
![]() | DIPHTHERIA TOXIN REPRESSOR | ||||||
![]() | REPRESSOR / TRANSCRIPTION REGULATION / DNA-BINDING / IRON | ||||||
機能・相同性 | ![]() transition metal ion binding / SH3 domain binding / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pohl, E. / Hol, W.G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Motion of the DNA-binding domain with respect to the core of the diphtheria toxin repressor (DtxR) revealed in the crystal structures of apo- and holo-DtxR. 著者: Pohl, E. / Holmes, R.K. / Hol, W.G. #1: ![]() タイトル: Three-Dimensional Structure of the Diphtheria Toxin Repressor in Complex with Divalent Cation Co-Repressors 著者: Qiu, X. / Verlinde, C.L. / Zhang, S. / Schmitt, M.P. / Holmes, R.K. / Hol, W.G. #2: ![]() タイトル: Purification and Characterization of the Diphtheria Toxin Repressor 著者: Schmitt, M.P. / Twiddy, E.M. / Holmes, R.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 54.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 41.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 416.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 420.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25381.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: C7(-) / 遺伝子: DTXR / プラスミド: PMS298 / 遺伝子 (発現宿主): T / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8.5 / 詳細: pH 8.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Qiu, X., (1995) Structure (London), 3, 87. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年8月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: MIRRORS / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→8 Å / Num. obs: 10884 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 21 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.237 / Mean I/σ(I) obs: 9 / Rsym value: 0.237 / % possible all: 99.9 |
反射 | *PLUS % possible obs: 96.2 % / Num. measured all: 102464 / Rmerge(I) obs: 0.083 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.9 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: 2FO-FC ELECTRON DENSITY IS MISSING FOR RESIDUES 1 - 3, 141 - 147 AND 199 - 200. THESE RESIDUES ARE ASSUMED TO BE DISORDERED. THE EXPERIMENTAL ELECTRON DENSITY IS WEAK OR MISSING FOR RESIDUES 148 - 226.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→8 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.191 / Rfactor Rwork: 0.19 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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