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万見
- PDB-1bg8: HDEA FROM ESCHERICHIA COLI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bg8
タイトルHDEA FROM ESCHERICHIA COLI
要素HDEA
キーワードPERIPLASMIC / HDEA
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular stress response to acidic pH / cellular response to acidic pH / chaperone-mediated protein folding / protein folding chaperone / unfolded protein binding / protein-folding chaperone binding / outer membrane-bounded periplasmic space / protein homodimerization activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
HNS-dependent expression A / HNS-dependent expression A superfamily / HNS-dependent expression A / HNS-dependent expression A/B / HNS-dependent expression A/B superfamily / HdeA/HdeB family / 10k-s Protein, Hypothetical Protein A; Chain A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Acid stress chaperone HdeA / Acid stress chaperone HdeA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Yang, F. / Gustafson, K.R. / Boyd, M.R. / Wlodawer, A.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of Escherichia coli HdeA.
著者: Yang, F. / Gustafson, K.R. / Boyd, M.R. / Wlodawer, A.
履歴
登録1998年6月5日処理サイト: BNL
改定 1.01998年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HDEA
B: HDEA
C: HDEA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2593
ポリマ－29,2593
非ポリマー00
水4,089227
1
A: HDEA
B: HDEA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5062
ポリマ－19,5062
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2180 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area7900 Å2
手法PISA
2
C: HDEA

C: HDEA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5062
ポリマ－19,5062
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.476, 76.149, 73.607
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.93, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.543515, -0.785768, 0.29523), (-0.784686, -0.600528, -0.153735), (0.298094, -0.148105, -0.942977)28.9373, 74.098, 45.8945
2given(0.387864, 0.887464, 0.248936), (0.884061, -0.434601, 0.171922), (0.260763, 0.153392, -0.953139)-43.8004, -9.4342, 12.5702

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要素

#1: タンパク質 HDEA / 10K-S PROTEIN / HYPOTHETICAL PROTEIN A


分子量: 9752.882 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P26604, UniProt: P0AES9*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化pH: 3.6
詳細: 36% PEG400, 5% GLYCEROL, 50MM SODIUM CITRATE, PH 3.6
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
136 %PEG4001reservoir
25 %glycerol1reservoir
350 mMsodium citrate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年2月16日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→40 Å / Num. obs: 12863 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Rsym value: 0.473 / % possible all: 94.8
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.071

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.2→10 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 1096 10 %RANDOM
Rwork0.163 ---
obs0.163 11106 85 %-
原子変位パラメータBiso mean: 40.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1761 0 0 227 1988
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.756
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.36
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d2.634
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDNCS model detailsRefine-IDRms dev position (Å)Weight Biso Weight position
11RESTRAINTS WERE APPLIED TO MAIN CHAIN AND SIDE CHAIN ATOMS SEPARATELYX-RAY DIFFRACTION0.0592300
22X-RAY DIFFRACTION0.0612300
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 108 6.63 %
Rwork0.267 966 -
obs--65.9 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.365
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg2.634

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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