PDB-1bfx: THE SOLUTION NMR STRUCTURE OF THE B FORM OF OXIDIZED RAT MICROSOM...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1bfx

タイトル

THE SOLUTION NMR STRUCTURE OF THE B FORM OF OXIDIZED RAT MICROSOMAL CYTOCHROME B5, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE

要素

CYTOCHROME B5

キーワード

ELECTRON TRANSPORT / CYTOCHROME B5 / PROTEIN RECOGNITION / ELECTRON TRANSFER / SOLUTION STRUCTURE / PARAMAGNETIC NMR

機能・相同性

機能・相同性情報

Vitamin C (ascorbate) metabolism / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / response to cadmium ion / electron transfer activity / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / enzyme binding / endoplasmic reticulum / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

溶液NMR / TORSION ANGLE MOLECULAR DYNAMICS SIMULATED ANNEALING, RESTRAINED ENERGY MINIMIZATION. PSEUDOCONTACT SHIFTS WERE USED IN THE CALCULATION, IN THE MINIMIZATION AS FURTHER NON-CLASSICAL CONSTRAINTS.

データ登録者

Arnesano, F. / Banci, L. / Bertini, I. / Felli, I.C.

引用

ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1999
タイトル: Solution structure of the B form of oxidized rat microsomal cytochrome b5 and backbone dynamics via 15N rotating-frame NMR-relaxation measurements. Biological implications.
著者: Arnesano, F. / Banci, L. / Bertini, I. / Felli, I.C. / Koulougliotis, D.

履歴

登録	1998年5月23日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1998年8月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月3日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1bfx.cif.gz	44.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1bfx.ent.gz	30.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1bfx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bf/1bfx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bf/1bfx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1sbo-d 6wje-3 4myr-2 1uwn-d 5wf2-d 4myr-3 4ud1-4 2b1j-1 4dx9-14 2i6f-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (7)

登録構造単位

A: CYTOCHROME B5

ヘテロ分子

12 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	1 / 40	MINIMIZED AVERAGE
代表モデル

#1: タンパク質	CYTOCHROME B5 分子量: 11360.501 Da / 分子数: 1 / 断片: SOLUBLE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: FROM RAT MICROSOMAL MEMBRANE / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 器官: LIVER / Organelle: MICROSOME / プラスミド: PUC 13 / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): NM522 / 参照: UniProt: P00173
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄

#1: タンパク質

CYTOCHROME B5

分子量: 11360.501 Da / 分子数: 1 / 断片: SOLUBLE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: FROM RAT MICROSOMAL MEMBRANE / 由来: (組換発現)

Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 器官: LIVER / Organelle: MICROSOME / プラスミド: PUC 13 / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): NM522 / 参照: UniProt: P00173

#2: 化合物

ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME

分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄

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実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	NOESY
1	2	1	TOCSY

-
試料調製

詳細	内容: H2O AND D2O
試料状態	イオン強度: PHOSPHATE 1mM / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE 800 MHZ / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE 800 MHZ / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
DYANA	モデル構築
AMBER	精密化
DYANA	精密化

NMR software

名称	開発者	分類
Amber	PEARLMAN,CASE,CALDWELL,ROSS,CHEATHAM, FERGUSON,SEIBEL,SINGH,WEINER,KOLLMAN	精密化
DYANA		構造決定
PSEUDYANA		構造決定
Amber		構造決定

精密化

手法: TORSION ANGLE MOLECULAR DYNAMICS SIMULATED ANNEALING, RESTRAINED ENERGY MINIMIZATION. PSEUDOCONTACT SHIFTS WERE USED IN THE CALCULATION, IN THE MINIMIZATION AS FURTHER NON-CLASSICAL CONSTRAINTS.
ソフトェア番号: 1
詳細: PSEUDOREM (BANCI, BERTINI, GORI SAVELLINI, ROMAGNOLI, TURANO, CREMONINI, LUCHINAT, GRAY) ALSO WAS USED.

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: MINIMIZED AVERAGE / 計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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