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万見
- PDB-1bfb: BASIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR COMPLEXED WITH HEPARIN TETRAMER FR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bfb
タイトルBASIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR COMPLEXED WITH HEPARIN TETRAMER FRAGMENT
要素BASIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR
キーワードGROWTH FACTOR / MITOGEN / VASCULARIZATION / HEPARIN-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


growth factor dependent regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / positive regulation of inner ear auditory receptor cell differentiation / positive regulation of lens fiber cell differentiation / positive regulation of neuroepithelial cell differentiation / regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / response to wortmannin / positive regulation of endothelial cell chemotaxis to fibroblast growth factor / TGFBR3 regulates FGF2 signaling / positive regulation of cell fate specification / regulation of retinal cell programmed cell death ...growth factor dependent regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / positive regulation of inner ear auditory receptor cell differentiation / positive regulation of lens fiber cell differentiation / positive regulation of neuroepithelial cell differentiation / regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / response to wortmannin / positive regulation of endothelial cell chemotaxis to fibroblast growth factor / TGFBR3 regulates FGF2 signaling / positive regulation of cell fate specification / regulation of retinal cell programmed cell death / Formation of intermediate mesoderm / regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / FGFRL1 modulation of FGFR1 signaling / corticotropin hormone secreting cell differentiation / thyroid-stimulating hormone-secreting cell differentiation / chondroblast differentiation / lymphatic endothelial cell migration / negative regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / chemokine binding / POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG activate genes related to proliferation / positive regulation of cerebellar granule cell precursor proliferation / cerebellar granule cell precursor proliferation / Formation of the nephric duct / positive regulation of epithelial tube formation / receptor-receptor interaction / regulation of endothelial cell chemotaxis to fibroblast growth factor / inner ear auditory receptor cell differentiation / hyaluronan catabolic process / negative regulation of wound healing / positive regulation of stem cell differentiation / Signaling by activated point mutants of FGFR3 / FGFR3c ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR3 / histone H3K9me2/3 reader activity / glial cell differentiation / stem cell development / embryonic morphogenesis / FGFR2b ligand binding and activation / behavioral response to ethanol / fibroblast growth factor receptor binding / FGFR2c ligand binding and activation / Activated point mutants of FGFR2 / FGFR4 ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR2 / FGFR1b ligand binding and activation / mammary gland epithelial cell differentiation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR4 / angiogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / Signaling by activated point mutants of FGFR1 / FGFR1c ligand binding and activation / organ induction / Downstream signaling of activated FGFR1 / Phospholipase C-mediated cascade: FGFR1 / paracrine signaling / Developmental Lineage of Pancreatic Acinar Cells / positive regulation of blood vessel branching / negative regulation of fibroblast migration / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / endothelial cell proliferation / cell migration involved in sprouting angiogenesis / embryo development ending in birth or egg hatching / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of DNA biosynthetic process / branching involved in ureteric bud morphogenesis / Signaling by FGFR2 IIIa TM / PI-3K cascade:FGFR3 / Syndecan interactions / PI-3K cascade:FGFR2 / positive regulation of neuroblast proliferation / PI-3K cascade:FGFR4 / PI-3K cascade:FGFR1 / positive regulation of stem cell proliferation / positive regulation of sprouting angiogenesis / chemoattractant activity / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / positive regulation of cell division / Non-integrin membrane-ECM interactions / PI3K Cascade / neuroblast proliferation / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / response to axon injury / regulation of angiogenesis / canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of osteoblast differentiation / SHC-mediated cascade:FGFR3 / SHC-mediated cascade:FGFR2 / SHC-mediated cascade:FGFR4 / negative regulation of stem cell proliferation / SHC-mediated cascade:FGFR1 / FRS-mediated FGFR3 signaling / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / Signaling by FGFR3 in disease / FRS-mediated FGFR1 signaling / neurogenesis
類似検索 - 分子機能
HBGF/FGF family signature. / Fibroblast growth factor family / Fibroblast growth factor / Acidic and basic fibroblast growth factor family. / Cytokine IL1/FGF / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fibroblast growth factor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Faham, S. / Rees, D.C.
引用
ジャーナル: Science / 年: 1996
タイトル: Heparin structure and interactions with basic fibroblast growth factor.
著者: Faham, S. / Hileman, R.E. / Fromm, J.R. / Linhardt, R.J. / Rees, D.C.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1991
タイトル: Three-Dimensional Structures of Acidic and Basic Fibroblast Growth Factors
著者: Zhu, X. / Komiya, H. / Chirino, A. / Faham, S. / Fox, G.M. / Arakawa, T. / Hsu, B.T. / Rees, D.C.
履歴
登録1995年12月12日処理サイト: BNL
改定 1.01996年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年11月3日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BASIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6722
ポリマ－16,5171
非ポリマー1,1551
水1629
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)32.020, 41.800, 85.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 BASIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR


分子量: 16516.883 Da / 分子数: 1 / 変異: C70S, C88S / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P09038
#2: 多糖 4-deoxy-2-O-sulfo-alpha-L-threo-hex-4-enopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)- ...4-deoxy-2-O-sulfo-alpha-L-threo-hex-4-enopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1154.940 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1a_1-5_2*NSO/3=O/3=O_6*OSO/3=O/3=O][a2121A-1a_1-5_2*OSO/3=O/3=O][a21eEA-1a_1-5_2*OSO/3=O/3=O]/1-2-1-3/a4-b1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-GlcpNSO36SO3]{[(4+1)][a-L-IdopA2SO3]{[(4+1)][a-D-GlcpNSO36SO3]{[(4+1)][a-L-4-deoxy-IdopA2SO3]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.29 %
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 mg/mlheparin tetrasaccharide1drop
210 mg/mlbFGF1drop
325 %PEG80001reservoir
40.1 MN-[2-acetamido]-2-iminodiacetic acid1reservoir

-
データ収集

放射光源波長: 1.54
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→40 Å / Num. obs: 9084 / % possible obs: 95.6 %
反射
*PLUS
Num. measured all: 23651 / Rmerge(I) obs: 0.071

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
MSCデータ削減
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 1.9→5 Å / σ(F): 1 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.206 --
obs0.206 8437 93.9 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数991 0 70 9 1070
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.14
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.35
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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