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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bf6 | ||||||
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タイトル | PHOSPHOTRIESTERASE HOMOLOGY PROTEIN FROM ESCHERICHIA COLI | ||||||
![]() | PHOSPHOTRIESTERASE HOMOLOGY PROTEIN | ||||||
![]() | PHOSPHOTRIESTERASE / HYPOTHETICAL PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() catabolic process / hydrolase activity, acting on ester bonds / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Buchbinder, J.L. / Stephenson, R.C. / Scanlan, T.S. / Fletterick, R.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Biochemical characterization and crystallographic structure of an Escherichia coli protein from the phosphotriesterase gene family. 著者: Buchbinder, J.L. / Stephenson, R.C. / Dresser, M.J. / Pitera, J.W. / Scanlan, T.S. / Fletterick, R.J. #1: ![]() タイトル: Erratum. Biochemical Characterization and Crystallographic Structure of an Escherichia Coli Protein from the Phosphotriesterase Gene Family 著者: Buchbinder, J.L. / Stephenson, R.C. / Dresser, M.J. / Pitera, J.W. / Scanlan, T.S. / Fletterick, R.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 131.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 101.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 409.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 414.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.999993, -0.000858, -0.000305), ベクター: |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 32820.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 296分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-MPD / ( | #5: 化合物 | ChemComp-GOL / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.24 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 105 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年10月1日 / 詳細: COLLIMATOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 69475 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 11.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 10.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.3 / % possible all: 78 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 286468 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 78 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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原子変位パラメータ | Biso mean: 16.42 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.78 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 8
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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