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- PDB-1bf3: P-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE (PHBH) MUTANT WITH CYS 116 REPLACED... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bf3
タイトルP-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE (PHBH) MUTANT WITH CYS 116 REPLACED BY SER (C116S) AND ARG 42 REPLACED BY LYS (R42K), IN COMPLEX WITH FAD AND 4-HYDROXYBENZOIC ACID
要素P-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase (NADPH) activity / 4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase / 4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase activity / benzoate catabolic process via hydroxylation / FAD binding / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能
4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase / : / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily ...4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase / : / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / P-HYDROXYBENZOIC ACID / p-hydroxybenzoate hydroxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Eppink, M.H.M. / Schreuder, H.A. / Van Berkel, W.J.H.
引用
ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1998
タイトル: Lys42 and Ser42 variants of p-hydroxybenzoate hydroxylase from Pseudomonas fluorescens reveal that Arg42 is essential for NADPH binding.
著者: Eppink, M.H. / Schreuder, H.A. / van Berkel, W.J.
#1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1994
タイトル: Crystal Structure of P-Hydroxybenzoate Hydroxylase Reconstituted with the Modified Fad Present in Alcohol Oxidase from Methylotrophic Yeasts: Evidence for an Arabinoflavin
著者: Van Berkel, W.J. / Eppink, M.H. / Schreuder, H.A.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: Crystal Structures of Wild-Type P-Hydroxybenzoate Hydroxylase Complexed with 4-Aminobenzoate, 2,4-Dihydroxybenzoate, and 2-Hydroxy-4-Aminobenzoate and of the Tyr222Ala Mutant Complexed ...タイトル: Crystal Structures of Wild-Type P-Hydroxybenzoate Hydroxylase Complexed with 4-Aminobenzoate, 2,4-Dihydroxybenzoate, and 2-Hydroxy-4-Aminobenzoate and of the Tyr222Ala Mutant Complexed with 2-Hydroxy-4-Aminobenzoate. Evidence for a Proton Channel and a New Binding Mode of the Flavin Ring
著者: Schreuder, H.A. / Mattevi, A. / Obmolova, G. / Kalk, K.H. / Hol, W.G. / Van Der Bolt, F.J. / Van Berkel, W.J.
#3: ジャーナル: Proteins / 年: 1992
タイトル: Crystal Structure of the Reduced Form of P-Hydroxybenzoate Hydroxylase Refined at 2.3 A Resolution
著者: Schreuder, H.A. / Van Der Laan, J.M. / Swarte, M.B. / Kalk, K.H. / Hol, W.G. / Drenth, J.
#4: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1990
タイトル: Engineering of Microheterogeneity-Resistant P-Hydroxybenzoate Hydroxylase from Pseudomonas Fluorescens
著者: Eschrich, K. / Van Berkel, W.J. / Westphal, A.H. / De Kok, A. / Mattevi, A. / Obmolova, G. / Kalk, K.H. / Hol, W.G.
#5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989
タイトル: Crystal Structure of the P-Hydroxybenzoate Hydroxylase-Substrate Complex Refined at 1.9 A Resolution. Analysis of the Enzyme-Substrate and Enzyme-Product Complexes
著者: Schreuder, H.A. / Prick, P.A. / Wierenga, R.K. / Vriend, G. / Wilson, K.S. / Hol, W.G. / Drenth, J.
#6: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1989
タイトル: The Coenzyme Analogue Adenosine 5-Diphosphoribose Displaces Fad in the Active Site of P-Hydroxybenzoate Hydroxylase. An X-Ray Crystallographic Investigation
著者: Van Der Laan, J.M. / Schreuder, H.A. / Swarte, M.B. / Wierenga, R.K. / Kalk, K.H. / Hol, W.G. / Drenth, J.
#7: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1988
タイトル: Crystal Structure of P-Hydroxybenzoate Hydroxylase Complexed with its Reaction Product 3,4-Dihydroxybenzoate
著者: Schreuder, H.A. / Van Der Laan, J.M. / Hol, W.G. / Drenth, J.
#8: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1979
タイトル: Crystal Structure of P-Hydroxybenzoate Hydroxylase
著者: Wierenga, R.K. / De Jong, R.J. / Kalk, K.H. / Hol, W.G. / Drenth, J.
#9: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1975
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Investigation of P-Hydroxybenzoate Hydroxylase from Pseudomonas Fluorescens
著者: Drenth, J. / Hol, W.G. / Wierenga, R.K.
履歴
登録1998年5月26日処理サイト: BNL
改定 1.01998年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32014年2月12日Group: Refinement description
改定 1.42014年4月9日Group: Data collection
改定 1.52017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.62018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.72021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.82023年8月2日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.92024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: P-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2603
ポリマ－44,3361
非ポリマー9242
水5,206289
1
A: P-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE
ヘテロ分子

A: P-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,5206
ポリマ－88,6732
非ポリマー1,8474
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area6410 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area30140 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)71.350, 145.900, 88.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 P-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE


分子量: 44336.492 Da / 分子数: 1 / 変異: R42K, C116S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 遺伝子: POBA / プラスミド: PUC9 / 遺伝子 (発現宿主): POBA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG2 / 参照: UniProt: P00438, 4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-PHB / P-HYDROXYBENZOIC ACID


分子量: 138.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 289 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化pH: 7
詳細: 39% AMMONIUMSULFATE, 100 MM SODIUM PHOSPHATE, 0.04 MM FAD, 0.15 MM EDTA, 30 MM SODIUM SULFITE, 1 MM P-HYDROXYBENZOATE, pH 7.0
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110-15 mg/mlenzyme1drop
2100 mMpotassium phosphate1drop
339 %satammonium sulfate1reservoir
40.04 mMFAD1reservoir
50.15 mMEDTA1reservoir
630 mMsodium sulfite1reservoir
71 mM4-hydroxybenzoate1reservoir
8100 mMpotassium phosphate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: MACSCIENCE M18X / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年7月1日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→8 Å / Num. obs: 23174 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rsym value: 0.067
反射 シェル解像度: 1.7→2 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.303 / % possible all: 82
反射
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / Num. measured all: 78553 / Rmerge(I) obs: 0.067

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.8モデル構築
X-PLOR3.8精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
X-PLOR3.8位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PBE

1pbe


解像度: 2.2→8 Å /
Rfactor反射数
Rwork0.175 -
obs-23174
原子変位パラメータBiso mean: 26.8 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3096 0 63 289 3448
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.8
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.69
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2FAD.PARFAD.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WAT.PARPHB.TOP
X-RAY DIFFRACTION4WAT.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.175
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.69

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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