PDB-1bf0: CALCICLUDINE (CAC) FROM GREEN MAMBA DENDROASPIS ANGUSTICEPS, NMR,...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1bf0

タイトル

CALCICLUDINE (CAC) FROM GREEN MAMBA DENDROASPIS ANGUSTICEPS, NMR, 15 STRUCTURES

要素

CALCICLUDINE

キーワード

CALCIUM CHANNEL BLOCKER

機能・相同性

機能・相同性情報

calcium channel regulator activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / toxin activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能

生物種

Dendroaspis angusticeps (コブラ)

手法

溶液NMR / MD- BASED SIMULATED ANNEALING WITH AMBIGOUS DISTANCE CONSTRAINTS

データ登録者

Gilquin, B. / Lecoq, A. / Desne, F. / Guenneugues, M. / Zinn-Justin, S. / Menez, A.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 1999
タイトル: Conformational and functional variability supported by the BPTI fold: solution structure of the Ca2+ channel blocker calcicludine.
著者: Gilquin, B. / Lecoq, A. / Desne, F. / Guenneugues, M. / Zinn-Justin, S. / Menez, A.

履歴

登録	1998年5月26日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1999年1月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2021年10月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: database_2 / entity ...database_2 / entity / entity_src_gen / entity_src_nat / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.src_method / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_nmr_software.authors / _pdbx_nmr_software.classification / _pdbx_nmr_software.version / _pdbx_nmr_spectrometer.manufacturer / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.4	2024年10月9日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1bf0.cif.gz	288.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1bf0.ent.gz	239 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1bf0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bf/1bf0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bf/1bf0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1b4r-d 2fk3-3 3t49-3 2fk3-6 2fjz-d 1ehs-d 2kac-d 5yv7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (7) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (7) #46 - 2003年10月トリプシン (Trypsin) 類似性 (7) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (7)

登録構造単位

A: CALCICLUDINE

7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	15 / 100	LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデル	モデル #1

#1: タンパク質	CALCICLUDINE 分子量: 6998.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: venom / 由来: (天然) Dendroaspis angusticeps (コブラ) / 参照: UniProt: P81658
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	NOESY
1	2	1	COSY
1	3	1	TOCSY

NMR実験の詳細

Text: COLLECTION OF ANGLE AND DISTANCE CONSTRAINTS WERE DERIVED FROM DQF-COSY AND NOESY EXPERIMENT RESPECTIVELY, CARRIED OUT IN H2O AND D2O. MIXING TIME OF 50, 75, 100 AND 150 MS WERE USED IN THE ...

-
試料調製

試料状態	pH: 4.5 / 温度: 30 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
X-PLOR	3.1	モデル構築
X-PLOR	3.1	精密化
X-PLOR	3.1	位相決定

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR	3.1	BRUNGER	精密化
X-PLOR	3.1	BRUNGER	structure calculation

精密化

手法: MD- BASED SIMULATED ANNEALING WITH AMBIGOUS DISTANCE CONSTRAINTS
ソフトェア番号: 1
詳細: DETAILS ON THE STRUCTURE CALCULATION CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE.

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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