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万見
- PDB-1beb: BOVINE BETA-LACTOGLOBULIN, LATTICE X -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1beb
タイトルBOVINE BETA-LACTOGLOBULIN, LATTICE X
要素BETA-LACTOGLOBULIN
キーワードLIPOCALIN / MILK WHEY PROTEIN / BOVINE / RETINOL-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


retinol binding / long-chain fatty acid binding / extracellular space / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactoglobulin / Lipocalin / Lipocalin family conserved site / Calycin beta-barrel core domain / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-lactoglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Brownlow, S. / Morais-Cabral, J.H. / Sawyer, L.
引用ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: Bovine beta-lactoglobulin at 1.8 A resolution--still an enigmatic lipocalin.
著者: Brownlow, S. / Morais Cabral, J.H. / Cooper, R. / Flower, D.R. / Yewdall, S.J. / Polikarpov, I. / North, A.C. / Sawyer, L.
履歴
登録1996年12月20日処理サイト: BNL
改定 1.01997年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-LACTOGLOBULIN
B: BETA-LACTOGLOBULIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7553
ポリマ－36,6582
非ポリマー961
水3,549197
1
A: BETA-LACTOGLOBULIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3291
ポリマ－18,3291
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: BETA-LACTOGLOBULIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4252
ポリマ－18,3291
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.800, 49.500, 56.600
Angle α, β, γ (deg.)123.40, 97.30, 103.70
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.14058, -0.80081, -0.58218), (-0.81017, -0.24494, 0.53256), (-0.56908, 0.54654, -0.61436)
ベクター: 0.07884, -0.1288, 0.00728)

-
要素

#1: タンパク質 BETA-LACTOGLOBULIN


分子量: 18329.229 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PROTEIN PURCHASED FROM SIGMA CHEMICALS / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / Secretion: MILK / Variant: MIXTURE OF GENETIC VARIANTS A AND B / 参照: UniProt: P02754
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 %
結晶化手法: batch method / pH: 6.5
詳細: 25MG/ML PROTEIN WAS DISSOLVED IN 0.1M SODIUM/ POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER (PH 7.0) AND CRYSTALLIZED BY THE BATCH METHOD FROM 2M AMMONIUM SULFATE (PH 6.5) AND 0.4M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE ...詳細: 25MG/ML PROTEIN WAS DISSOLVED IN 0.1M SODIUM/ POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER (PH 7.0) AND CRYSTALLIZED BY THE BATCH METHOD FROM 2M AMMONIUM SULFATE (PH 6.5) AND 0.4M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER (PH 7.6)., batch method
PH範囲: 6.5-7.6
結晶化
*PLUS
手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
122.7 mg/mlprotein11
20.42 Msodium potassium phosphate11
32 Mammonium sulfate11adjuste to pH6.5 with 0.88M ammonia
50.001 %(w/v)sodium azide11
4water110.25ml

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: XENTRONICS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1988年9月1日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→15 Å / Num. obs: 25155 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 23.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル解像度: 1.8→1.96 Å / 冗長度: 1.2 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.1 / % possible all: 78

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
ROTAVATAデータ削減
Agrovataデータ削減
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
XDSデータ削減
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: B-LG LATTICE Z - SOLVED BY MIR

解像度: 1.8→15 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 1256 5 %RANDOM
Rwork0.181 ---
obs0.181 25135 96 %-
原子変位パラメータBiso mean: 25.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2473 0 0 197 2670
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.545
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.08
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.366
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2
Refine LS restraints NCSNCS model details: UNRESTRAINED AT END
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.88 Å / Total num. of bins used: 25
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 874 3.478 %
Rwork0.3 16053 -
obs--67 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM11.WATTOPH11.WAT
X-RAY DIFFRACTION3PARAM19.SOLTOPH19.SOL
X-RAY DIFFRACTION4PARAM.SO4TOP.SO4
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26.084
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.366
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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