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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bdx | ||||||
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タイトル | E. COLI DNA HELICASE RUVA WITH BOUND DNA HOLLIDAY JUNCTION, ALPHA CARBONS AND PHOSPHATE ATOMS ONLY | ||||||
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![]() | TRANSFERASE/DNA / DNA-BINDING / BRANCH MIGRATION / HOLLIDAY JUNCTION / RUV / COMPLEX DNA-BINDING PROTEIN-DNA / TRANSFERASE-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() Holliday junction helicase complex / Holliday junction resolvase complex / four-way junction helicase activity / recombinational repair / SOS response / four-way junction DNA binding / response to radiation / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hargreaves, D. / Rice, D.W. / Sedelnikova, S.E. / Artymiuk, P.J. / Lloyd, R.G. / Rafferty, J.B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of E.coli RuvA with bound DNA Holliday junction at 6 A resolution. 著者: Hargreaves, D. / Rice, D.W. / Sedelnikova, S.E. / Artymiuk, P.J. / Lloyd, R.G. / Rafferty, J.B. #1: ![]() タイトル: Crystal Structure of DNA Recombination Protein Ruva and a Model for its Binding to the Holliday Junction 著者: Rafferty, J.B. / Sedelnikova, S.E. / Hargreaves, D. / Artymiuk, P.J. / Baker, P.J. / Sharples, G.J. / Mahdi, A.A. / Lloyd, R.G. / Rice, D.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 35.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 19.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 342.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 342.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 992 B | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 4898.191 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 #2: タンパク質 | 分子量: 22111.668 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 生物種: Escherichia coli / 株: BL21 / Variant: DE3 / プラスミド: PAM159 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 遺伝子 (発現宿主): RUVA / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % 解説: MOLECULAR REPLACEMENT PHASES WERE ONLY GOOD ENOUGH TO USE IN LOCATING HEAVY ATOMS BY DIFFERENCE FOURIER AND WERE THEN ABANDONED IN FAVOUR OF MIR PHASES. | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PROTEIN/DNA COMPLEX WAS CRYSTALLISED FROM 0.85M SODIUM ACETATE BUFFERED WITH 100MM IMIDAZOLE AT PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 詳細: Hargreaves, D., (1999) Acta. Crystallogr., D55, 263.PH range low: 7.5 / PH range high: 6.5 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年12月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 5.7→17.6 Å / Num. obs: 5263 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rsym value: 0.043 / Net I/σ(I): 6.8 |
反射 シェル | 解像度: 5.7→6.01 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.224 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Rsym value: 0.224 / % possible all: 94.2 |
反射 | *PLUS % possible obs: 94 % / Num. measured all: 10906 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() ![]() 開始モデル: 1CUK 最高解像度: 6 Å 詳細: OWING TO THE LOW RESOLUTION OF THE DATA, NO POSITIONAL REFINEMENT OF THE PROTEIN RESIDUES OR DNA WAS PERFORMED | |||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 6 Å
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