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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bdu | |||||||||
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タイトル | E. COLI THYMIDYLATE SYNTHASE COMPLEXED WITH DURD | |||||||||
要素 | THYMIDYLATE SYNTHASE | |||||||||
キーワード | METHYLTRANSFERASE / TRANSFERASE (METHYLTRANSFERASE) / SUBSTRATE MODULES | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / response to radiation / regulation of translation / methylation / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / RNA binding ...thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / response to radiation / regulation of translation / methylation / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / RNA binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 2.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Stout, T.J. / Sage, C.R. / Stroud, R.M. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 1998 タイトル: The additivity of substrate fragments in enzyme-ligand binding. 著者: Stout, T.J. / Sage, C.R. / Stroud, R.M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1bdu.cif.gz | 65 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1bdu.ent.gz | 50.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1bdu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1bdu_validation.pdf.gz | 393.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1bdu_full_validation.pdf.gz | 400.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1bdu_validation.xml.gz | 7.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1bdu_validation.cif.gz | 11.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/1bdu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/1bdu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30543.662 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 細胞株: CHI-2913 / 遺伝子: THYA / プラスミド: PTHYA-WT / 細胞株 (発現宿主): CHI-2913 / 遺伝子 (発現宿主): THYA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P00470, UniProt: P0A884*PLUS, thymidylate synthase |
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#2: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-DUR / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.1 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: CRYSTALLIZATION EXPERIMENTS WERE CONDUCTED IN HANGING DROPS CONTAINING 4.2 MG/ML E. COLI TS, 0.38 MM DURD, 3.8 MM DTT, AND 1.2 M (NH4)2SO4, AT PH 7.8 (20 MM KPO4) SUSPENDED OVER A WELL ...詳細: CRYSTALLIZATION EXPERIMENTS WERE CONDUCTED IN HANGING DROPS CONTAINING 4.2 MG/ML E. COLI TS, 0.38 MM DURD, 3.8 MM DTT, AND 1.2 M (NH4)2SO4, AT PH 7.8 (20 MM KPO4) SUSPENDED OVER A WELL SOLUTION CONTAINING 2.4 M (NH4)2SO4 AND 1.0 MM DTT., vapor diffusion - hanging drop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年11月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 22939 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 8.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 9.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.343 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Rsym value: 0.343 / % possible all: 89.2 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 68944 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER 開始モデル: PDB ENTRY 1TJS 解像度: 2.1→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 23.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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