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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bdj | ||||||
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タイトル | COMPLEX STRUCTURE OF HPT DOMAIN AND CHEY | ||||||
要素 |
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キーワード | COMPLEX (CHEMOTAXIS/TRANSFERASE) / TWO-COMPONENT SYSTEM / HISTIDINE-CONTAINING PHOSPHOTRANSFER (HPT) DOMAIN / ARCB / RESPONSE REGULATOR / CHEY / COMPLEX (CHEMOTAXIS-TRANSFERASE) / COMPLEX (CHEMOTAXIS-TRANSFERASE) complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 peptidyl-histidine phosphorylation / bacterial-type flagellum basal body, C ring / bacterial-type flagellum rotor complex / bacterial-type flagellum-dependent swimming motility / regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / aerotaxis / bacterial-type flagellum / response to oxygen levels / histidine phosphotransfer kinase activity / regulation of chemotaxis ...peptidyl-histidine phosphorylation / bacterial-type flagellum basal body, C ring / bacterial-type flagellum rotor complex / bacterial-type flagellum-dependent swimming motility / regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / aerotaxis / bacterial-type flagellum / response to oxygen levels / histidine phosphotransfer kinase activity / regulation of chemotaxis / thermotaxis / internal peptidyl-lysine acetylation / phosphorelay response regulator activity / protein acetylation / histidine kinase / phosphorelay signal transduction system / plasma membrane => GO:0005886 / phosphoprotein phosphatase activity / phosphorelay sensor kinase activity / acetyltransferase activity / chemotaxis / protein autophosphorylation / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / signal transduction / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.68 Å | ||||||
データ登録者 | Kato, M. / Mizuno, T. / Shimizu, T. / Hakoshima, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999 タイトル: Structure of the histidine-containing phosphotransfer (HPt) domain of the anaerobic sensor protein ArcB complexed with the chemotaxis response regulator CheY. 著者: Kato, M. / Shimizu, T. / Mizuno, T. / Hakoshima, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1bdj.cif.gz | 60.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1bdj.ent.gz | 43.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1bdj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1bdj_validation.pdf.gz | 438.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1bdj_full_validation.pdf.gz | 439.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1bdj_validation.xml.gz | 11.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1bdj_validation.cif.gz | 14.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/1bdj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/1bdj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13981.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: THE RESPONSE REGULATOR / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PT7-CHEY / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / Variant (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P06143, UniProt: P0AE67*PLUS |
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#2: タンパク質 | 分子量: 14013.939 Da / 分子数: 1 Fragment: HPT DOMAIN, THE HISTIDINE-CONTAINING PHOSPHOTRANSFER DOMAIN 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PSU2DH / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / Variant (発現宿主): DZ225 参照: UniProt: P22763, UniProt: P0AEC3*PLUS, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 含窒素基に移すもの |
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % / 解説: DATA WERE COLLECTED USING THE WEISSENBERG METHOD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7 / 詳細: pH 7.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Kato, M., (1998) Acta Crystallogr., D54, 140. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 283 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-18B / 波長: 1 |
検出器 | 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年11月1日 / 詳細: COLLIMATER |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 2.68 Å / Num. obs: 9392 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 52.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 46.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.68→3.02 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 84.2 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 40201 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 75.8 % / Rmerge(I) obs: 0.405 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1A0B (HPT DOMAIN) AND 1CHN (CHEY) 解像度: 2.68→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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原子変位パラメータ | Biso mean: 41 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.68→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.68→2.8 Å / Rfactor Rfree error: 0.061 / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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