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- PDB-1bdb: CIS-BIPHENYL-2,3-DIHYDRODIOL-2,3-DEHYDROGENASE FROM PSEUDOMONAS S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bdb
タイトルCIS-BIPHENYL-2,3-DIHYDRODIOL-2,3-DEHYDROGENASE FROM PSEUDOMONAS SP. LB400
要素CIS-BIPHENYL-2,3-DIHYDRODIOL-2,3-DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / NAD-DEPENDENT OXIDOREDUCTASE / SHORT-CHAIN ALCOHOL DEHYDROGENASE / PCB DEGRADATION
機能・相同性
機能・相同性情報


cis-2,3-dihydrobiphenyl-2,3-diol dehydrogenase / cis-2,3-dihydrobiphenyl-2,3-diol dehydrogenase activity / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, oxygen as acceptor / catabolic process
類似検索 - 分子機能
Cis-2,3-dihydrobiphenyl-2,3-diol dehydrogenase / : / short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Cis-2,3-dihydrobiphenyl-2,3-diol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Huelsmeyer, M. / Hecht, H.-J. / Niefind, K. / Hofer, B. / Timmis, K.N. / Schomburg, D.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of cis-biphenyl-2,3-dihydrodiol-2,3-dehydrogenase from a PCB degrader at 2.0 A resolution.
著者: Hulsmeyer, M. / Hecht, H.J. / Niefind, K. / Hofer, B. / Eltis, L.D. / Timmis, K.N. / Schomburg, D.
#1: ジャーナル: Gene / 年: 1993
タイトル: Genetic Analysis of a Pseudomonas Locus Encoding a Pathway for Biphenyl/Polychlorinated Biphenyl Degradation
著者: Hofer, B. / Eltis, L.D. / Dowling, D.N. / Timmis, K.N.
履歴
登録1997年5月10日処理サイト: BNL
改定 1.01997年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CIS-BIPHENYL-2,3-DIHYDRODIOL-2,3-DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5932
ポリマ－28,9301
非ポリマー6631
水2,162120
1
A: CIS-BIPHENYL-2,3-DIHYDRODIOL-2,3-DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

A: CIS-BIPHENYL-2,3-DIHYDRODIOL-2,3-DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

A: CIS-BIPHENYL-2,3-DIHYDRODIOL-2,3-DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

A: CIS-BIPHENYL-2,3-DIHYDRODIOL-2,3-DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,3738
ポリマ－115,7194
非ポリマー2,6544
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_775-x+2,-y+2,z1
crystal symmetry operation8_675x-y+1,-y+2,-z1
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z1
Buried area23210 Å2
ΔGint-179 kcal/mol
Surface area32140 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)79.200, 79.200, 152.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

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要素

#1: タンパク質 CIS-BIPHENYL-2,3-DIHYDRODIOL-2,3-DEHYDROGENASE


分子量: 28929.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas sp. (バクテリア) / 細胞内の位置: CYTOPLASM / Variant: PLEBD4 / 株: LB400 / 参照: UniProt: P47227
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化pH: 7.5
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 0.1 M CITRATE/PHOSPHATE BUFFER, PH 7.5, 1.2 M AMMONIUM SULFATE CONTAINING 50 MM NAD
結晶化
*PLUS
温度: 12 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
1100 mMcitrate1reservoir
21.2 Mammonium sulfate1reservoir
333 mMcitrate1drop
40.4 Mammonium sulfate1drop
54 mg/mlprotain1drop
617 mMNAD+1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年10月2日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→25 Å / Num. obs: 18861 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 15.4 Å2 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 22.7
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 14.4 / Rsym value: 0.188 / % possible all: 94
反射
*PLUS
Num. measured all: 19980 / Rmerge(I) obs: 0.067
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.08 Å / % possible obs: 94 % / Rmerge(I) obs: 0.188

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2HSD

2hsd


解像度: 2→25 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 966 5 %RANDOM
Rwork0.179 ---
obs-17895 94.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 17.6 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.08 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1969 0 44 120 2133
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.010.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0260.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.030.04
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.391.39
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it22
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.731.73
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.782.78
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.020.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.0990.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1780.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2640.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor3.97
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor17.515
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor37.320
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor015
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection all: 18861 / Rfactor all: 0.179 / Rfactor Rfree: 0.23
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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