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- PDB-1bd8: STRUCTURE OF CDK INHIBITOR P19INK4D -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bd8
タイトルSTRUCTURE OF CDK INHIBITOR P19INK4D
要素P19INK4D CDK4/6 INHIBITOR
キーワードTUMOR SUPPRESSOR / CDK4/6 INHIBITOR / ANKYRIN MOTIF
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclin D2-CDK4 complex / autophagic cell death / negative regulation of cell cycle G1/S phase transition / negative regulation of phosphorylation / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase inhibitor activity / response to vitamin D / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / DNA synthesis involved in DNA repair / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle ...cyclin D2-CDK4 complex / autophagic cell death / negative regulation of cell cycle G1/S phase transition / negative regulation of phosphorylation / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase inhibitor activity / response to vitamin D / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / DNA synthesis involved in DNA repair / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / response to UV / response to retinoic acid / sensory perception of sound / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / Oncogene Induced Senescence / negative regulation of cell growth / Cyclin D associated events in G1 / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / cell cycle / negative regulation of cell population proliferation / protein kinase binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ankyrin repeat-containing domain / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclin-dependent kinase 4 inhibitor D
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Baumgartner, R. / Fernandez-Catalan, C. / Winoto, A. / Huber, R. / Engh, R. / Holak, T.A.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1998
タイトル: Structure of human cyclin-dependent kinase inhibitor p19INK4d: comparison to known ankyrin-repeat-containing structures and implications for the dysfunction of tumor suppressor p16INK4a.
著者: Baumgartner, R. / Fernandez-Catalan, C. / Winoto, A. / Huber, R. / Engh, R.A. / Holak, T.A.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998
タイトル: Crystal Structure of the Cdk4/6 Inhibitory Protein P18Ink4C Provides Insights Into Ankyrin-Like Repeat Structure/Function and Tumor-Derived P16Ink4 Mutations
著者: Venkataramani, R. / Swaminathan, K. / Marmorstein, R.
履歴
登録1998年5月12日処理サイト: BNL
改定 1.01998年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: P19INK4D CDK4/6 INHIBITOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6281
ポリマ－16,6281
非ポリマー00
水3,513195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)28.470, 54.560, 45.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.16, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 P19INK4D CDK4/6 INHIBITOR


分子量: 16627.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: BL21 / 細胞内の位置: CYTOPLASM / プラスミド: PET-15B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P55273
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 34 % / 解説: DATA COLLECTED IN THE OSCILLATION MODE.
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 35% PEG 4000, 200 MM MGSO4 AND 200 MM TRIS/HCL PH 8.5, SITTING DROP METHOD, AT 4 DEG. C., vapor diffusion - sitting drop, temperature 277K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 35 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
115 mg/mlprotein1drop
230 %PEG40001reservoir
30.1 MTris-HCl1reservoir
40.2 M1reservoirMgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 280 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年10月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→25 Å / Num. obs: 13017 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 11.7
反射
*PLUS
% possible obs: 99.4 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CCP4SUITEモデル構築
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 最高解像度: 1.8 Å /
Rfactor%反射
Rfree0.26 5 %
Rwork0.19 -
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 1.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1167 0 0 198 1365
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.19
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0058
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg0.96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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