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- PDB-1bcf: THE STRUCTURE OF A UNIQUE, TWO-FOLD SYMMETRIC, HAEM-BINDING SITE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bcf
タイトルTHE STRUCTURE OF A UNIQUE, TWO-FOLD SYMMETRIC, HAEM-BINDING SITE
要素BACTERIOFERRITIN
キーワードIRON STORAGE AND ELECTRON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


iron ion sequestering activity / ferroxidase / ferroxidase activity / ferric iron binding / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding / protein homodimerization activity ...iron ion sequestering activity / ferroxidase / ferroxidase activity / ferric iron binding / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding / protein homodimerization activity / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bacterioferritin signature. / Bacterioferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily ...Bacterioferritin signature. / Bacterioferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / : / Bacterioferritin
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Frolow, F. / Kalb(Gilboa), A.J. / Yariv, J.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1994
タイトル: Structure of a unique twofold symmetric haem-binding site.
著者: Frolow, F. / Kalb, A.J. / Yariv, J.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1993
タイトル: Location of Haem in Bacterioferritin of Escherichia Coli
著者: Frolow, F. / Kalb(Gilboa), A.J. / Yariv, J.
#2: ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 1989
タイトル: Amino Acid Sequence of the Bacterioferritin (Cytochrome B1) of Escherichia Coli-K12
著者: Andrews, S.C. / Smith, J.M.A. / Guest, J.R. / Harrison, P.M.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989
タイトル: Molecular Size and Symmetry of the Bacterioferritin of Escherichia Coli: X-Ray Crystallographic Characterization of Four Crystal Forms
著者: Smith, J.M.A. / Ford, G.C. / Harrison, P.M. / Yariv, J. / Kalb(Gilboa), A.J.
#4: ジャーナル: Biochem.J. / 年: 1983
タイトル: The Identity of Bacterioferritin and Cytochrome B1
著者: Yariv, J.
#5: ジャーナル: Biochem.J. / 年: 1981
タイトル: The Composition and the Structure of Bacterioferritin of Escherichia Coli
著者: Yariv, J. / Kalb(Gilboa), A.J. / Sperling, R. / Bauminger, E.R. / Cohen, S.G. / Ofer, S.
履歴
登録1993年12月6日処理サイト: BNL
改定 1.01994年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BACTERIOFERRITIN
B: BACTERIOFERRITIN
C: BACTERIOFERRITIN
D: BACTERIOFERRITIN
E: BACTERIOFERRITIN
F: BACTERIOFERRITIN
G: BACTERIOFERRITIN
H: BACTERIOFERRITIN
I: BACTERIOFERRITIN
J: BACTERIOFERRITIN
K: BACTERIOFERRITIN
L: BACTERIOFERRITIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,23442
ポリマ－222,21612
非ポリマー5,01730
水00
1
A: BACTERIOFERRITIN
B: BACTERIOFERRITIN
C: BACTERIOFERRITIN
D: BACTERIOFERRITIN
E: BACTERIOFERRITIN
F: BACTERIOFERRITIN
G: BACTERIOFERRITIN
H: BACTERIOFERRITIN
I: BACTERIOFERRITIN
J: BACTERIOFERRITIN
K: BACTERIOFERRITIN
L: BACTERIOFERRITIN
ヘテロ分子

A: BACTERIOFERRITIN
B: BACTERIOFERRITIN
C: BACTERIOFERRITIN
D: BACTERIOFERRITIN
E: BACTERIOFERRITIN
F: BACTERIOFERRITIN
G: BACTERIOFERRITIN
H: BACTERIOFERRITIN
I: BACTERIOFERRITIN
J: BACTERIOFERRITIN
K: BACTERIOFERRITIN
L: BACTERIOFERRITIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)454,46784
ポリマ－444,43224
非ポリマー10,03560
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area95000 Å2
ΔGint-770 kcal/mol
Surface area133430 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)211.100, 211.100, 145.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.001709, -0.999998, 0.000504), (0.999769, -0.001719, -0.021446), (0.021447, 0.000467, 0.99977)108.44, 0.78, -1.62
2given(-0.999755, -0.005759, 0.02138), (0.005693, -0.999979, -0.00314), (0.021397, -0.003018, 0.999766)108.18, 107.78, -1.66
3given(-0.009622, 0.999952, -0.001574), (-0.999915, -0.009608, 0.008862), (0.008846, 0.001659, 0.999959)1.14, 108.59, -0.96
4given(0.490879, 0.502495, -0.711714), (-0.502123, -0.504412, -0.702453), (-0.711976, 0.702188, 0.004709)0.74, 108.57, 0.53
5given(-0.487883, -0.500876, 0.714908), (0.516301, 0.494795, 0.699007), (-0.703849, 0.710142, 0.017201)107.11, -0.74, -0.78
詳細THE BACTERIOFERRITIN MOLECULE IS A HOLLOW SHELL OF APPROXIMATE 432 SYMMETRY COMPOSED OF 24 IDENTICAL PROTEIN CHAINS AND 12 HEME GROUPS. THE BUILDING BLOCK FOR THE SHELL IS A PROTEIN DIMER HOLDING THE HEME MOIETY WITH ITS QUASI-DYAD AXIS CLOSELY ALIGNED WITH THE PSEUDO-DYAD OF THE DIMER. A COMPLETE SHELL CAN BE CONSTRUCTED FROM THE COORDINATES GIVEN BELOW FOR PROTEIN SUBUNITS *A* AND *B* AND THE HEME PROSTHETIC GROUP *HEM* BY FIRST APPLYING EACH OF THE FIVE NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY MATRICES GIVEN BELOW (MTRIX1...MTRIX5) TO OBTAIN ONE ASYMMETRIC UNIT CONSISTING OF ONE HALF OF THE SHELL AND THEN APPLYING THE CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD ROTATION (Y, X, -Z) TO THIS.

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要素

#1: タンパク質
BACTERIOFERRITIN


分子量: 18518.016 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABD3
#2: 化合物...
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
構成要素の詳細EACH SUBUNIT INCLUDES A BINUCLEAR METAL-BINDING SITE INVOLVING RESIDUES GLU 18, GLU 51, HIS 54, GLU ...EACH SUBUNIT INCLUDES A BINUCLEAR METAL-BINDING SITE INVOLVING RESIDUES GLU 18, GLU 51, HIS 54, GLU 94, GLU 127, AND HIS 130 AND LINKING TOGETHER THE FOUR MAJOR HELICES (A, B, C, AND D) OF THE SUBUNIT. THE IDENTITY OF THE METAL IONS HAS NOT BEEN DETERMINED. THEY ARE LISTED BELOW AS DIVALENT MANGANESE (RESIDUES *A* 600, *A* 601, *B* 600, AND *B* 601) AND ARE NAMED SITES MA1, MA2, MB1, AND MB2.
非ポリマーの詳細THE HEME MOIETY IS BOUND SYMMETRICALLY TO SUBUNITS *A* AND *B* BY BONDS FROM THE HEME IRON TO THE ...THE HEME MOIETY IS BOUND SYMMETRICALLY TO SUBUNITS *A* AND *B* BY BONDS FROM THE HEME IRON TO THE SULFUR ATOMS OF MET *A* 52 AND MET *B* 52.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.2 %
結晶化
*PLUS
手法: microdialysis / 詳細: Smith, J.M.A. (1989) J. Mol. Biol., 205, 465.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
12 Mammonium sulfate11
20.1 M11Mn2+

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / Num. obs: 71796 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / Num. measured all: 733629 / Rmerge(I) obs: 0.082

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.9→8 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
Rwork0.208 -
obs0.208 71796
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15564 0 282 0 15846
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.81
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d20.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.63
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection all: 71796 / Rfactor all: 0.208
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d1.81
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg1.63

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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