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万見
- PDB-1bbj: CRYSTAL STRUCTURE OF A CHIMERIC FAB' FRAGMENT OF AN ANTIBODY BIND... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bbj
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A CHIMERIC FAB' FRAGMENT OF AN ANTIBODY BINDING TUMOUR CELLS
要素
  • IGG4-KAPPA B72.3 FAB (HEAVY CHAIN)
  • IGG4-KAPPA B72.3 FAB (LIGHT CHAIN)
キーワードIMMUNOGLOBULIN
機能・相同性
機能・相同性情報


IgG immunoglobulin complex / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade ...IgG immunoglobulin complex / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / FCGR3A-mediated phagocytosis / antigen binding / B cell receptor signaling pathway / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / antibacterial humoral response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / adaptive immune response / blood microparticle / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold ...Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Immunoglobulin heavy constant gamma 4
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Brady, R.L. / Hubbard, R.E. / Todd, R.J.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: Crystal structure of a chimeric Fab' fragment of an antibody binding tumour cells.
著者: Brady, R.L. / Edwards, D.J. / Hubbard, R.E. / Jiang, J.S. / Lange, G. / Roberts, S.M. / Todd, R.J. / Adair, J.R. / Emtage, J.S. / King, D.J. / Low, D.C.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Study of a Chimeric Fab' Fragment of an Antibody Binding Tumour Cells
著者: Brady, R.L. / Hubbard, R.E. / King, D.J. / Low, D.C. / Roberts, S.M. / Todd, R.J.
履歴
登録1992年4月30日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年2月5日Group: Source and taxonomy
改定 2.02019年12月25日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_database_status ...entity_poly / pdbx_database_status / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.process_site ..._entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: IGG4-KAPPA B72.3 FAB (LIGHT CHAIN)
H: IGG4-KAPPA B72.3 FAB (HEAVY CHAIN)
A: IGG4-KAPPA B72.3 FAB (LIGHT CHAIN)
B: IGG4-KAPPA B72.3 FAB (HEAVY CHAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,8864
ポリマ－91,8864
非ポリマー00
水00
1
L: IGG4-KAPPA B72.3 FAB (LIGHT CHAIN)
H: IGG4-KAPPA B72.3 FAB (HEAVY CHAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9432
ポリマ－45,9432
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3740 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area18760 Å2
手法PISA
2
A: IGG4-KAPPA B72.3 FAB (LIGHT CHAIN)
B: IGG4-KAPPA B72.3 FAB (HEAVY CHAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9432
ポリマ－45,9432
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3740 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area18740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.500, 93.200, 208.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO L 8
2: ASN L 28 - ILE L 29 OMEGA =145.72 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
3: CIS PROLINE - PRO L 95 / 4: CIS PROLINE - PRO L 141 / 5: CIS PROLINE - PRO H 148 / 6: CIS PROLINE - PRO H 150
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.999867, -0.01191, 0.011172), (0.011579, 0.999506, 0.029227), (-0.011515, -0.029094, 0.99951)
ベクター: -0.2079, -47.9869, -23.807)
詳細THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT CONTAINS TWO FAB MOLECULES. ONLY ONE MOLECULE IS PRESENTED IN THIS ENTRY. THE OTHER MOLECULE MAY BE GENERATED USING THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX* RECORDS BELOW.

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要素

#1: 抗体 IGG4-KAPPA B72.3 FAB (LIGHT CHAIN)


分子量: 23152.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: GenBank: 11692743
#2: 抗体 IGG4-KAPPA B72.3 FAB (HEAVY CHAIN)


分子量: 22790.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P01861

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.57 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7 / 手法: microdialysis
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlFab'11
250 mMsodium phosphate11
32.21 Mammonium sulphate12
45 %(v/v)dioxan12
550 mMsodium phosphate12

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 3.1 Å / Num. obs: 15644 / % possible obs: 74 % / Num. measured all: 57781 / Rmerge(I) obs: 0.068

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化Rfactor obs: 0.176 / 最高解像度: 3.1 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 3.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6466 0 0 0 6466
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d3.73
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.1 Å / 最低解像度: 15 Å / Rfactor obs: 0.176 / Num. reflection obs: 15644
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 35.87 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d3.73
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg3.73
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 3.1 Å / 最低解像度: 3.34 Å / Total num. of bins used: 5 / Rfactor obs: 0.2424

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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