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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bb6 | ||||||
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タイトル | LYSOZYME COMPLEX WITH 4-METHYL-UMBELLIFERYL CHITOTRIOSE | ||||||
![]() | LYSOZYME | ||||||
![]() | HYDROLASE / N-ACETYL-MURAMIDASE / UMBELLIFERONE GLYCOSIDES | ||||||
機能・相同性 | ![]() lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Vollan, V.B. / Hough, E. / Karlsen, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural studies on the binding of 4-methylumbelliferone glycosides of chitin to rainbow trout lysozyme. 著者: Vollan, V.B. / Hough, E. / Karlsen, S. #1: ![]() タイトル: Crystal Structures of Three Complexes between Chito-Oligosaccharides and Lysozyme from the Rainbow Trout. How Distorted is the Nag Sugar in Site D? 著者: Karlsen, S. / Hough, E. #2: ![]() タイトル: Refined Crystal Structure of Lysozyme from the Rainbow Trout (Oncorhynchus Mykiss) 著者: Karlsen, S. / Eliassen, B.E. / Hansen, L.K. / Larsen, R.L. / Riise, B.W. / Smalas, A.O. / Hough, E. / Grinde, B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 37.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 29.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14303.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-UMG / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 10 / 詳細: pH 10.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Karlsen, S., (1995) Acta Crystallogr.,Sect.D, 51, 354. PH range low: 10 / PH range high: 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1996年3月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→28 Å / Num. obs: 11445 / % possible obs: 89.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.01 / Net I/σ(I): 5.9 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 1.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 42.7 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 20088 / Rmerge(I) obs: 0.105 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 42.7 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: PHASES FOR NATIVE STRUCTURE / 解像度: 2→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
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原子変位パラメータ | Biso mean: 18.87 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.25 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.211 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |