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- PDB-1bay: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE YFYF CYS 47-CARBOXYMETHYLATED CLASS PI,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bay
タイトルGLUTATHIONE S-TRANSFERASE YFYF CYS 47-CARBOXYMETHYLATED CLASS PI, FREE ENZYME
要素GLUTATHIONE S-TRANSFERASE CLASS PI
キーワードTRANSFERASE / MULTIGENE FAMILY
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to cell-matrix adhesion / negative regulation of neutrophil aggregation / negative regulation of peroxidase activity / Paracetamol ADME / Glutathione conjugation / negative regulation of smooth muscle cell chemotaxis / Detoxification of Reactive Oxygen Species / kinase regulator activity / negative regulation of leukocyte proliferation / response to L-ascorbic acid ...cellular response to cell-matrix adhesion / negative regulation of neutrophil aggregation / negative regulation of peroxidase activity / Paracetamol ADME / Glutathione conjugation / negative regulation of smooth muscle cell chemotaxis / Detoxification of Reactive Oxygen Species / kinase regulator activity / negative regulation of leukocyte proliferation / response to L-ascorbic acid / common myeloid progenitor cell proliferation / organic cyclic compound binding / glutathione derivative biosynthetic process / hepoxilin biosynthetic process / negative regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / oligodendrocyte development / negative regulation of JUN kinase activity / negative regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / JUN kinase binding / cellular response to glucocorticoid stimulus / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / negative regulation of interleukin-1 beta production / regulation of stress-activated MAPK cascade / prostaglandin metabolic process / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / negative regulation of acute inflammatory response / glutathione transferase / negative regulation of tumor necrosis factor production / glutathione transferase activity / toxic substance binding / response to amino acid / animal organ regeneration / negative regulation of fibroblast proliferation / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to epidermal growth factor stimulus / Neutrophil degranulation / xenobiotic metabolic process / response to nutrient levels / glutathione metabolic process / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of superoxide anion generation / negative regulation of MAP kinase activity / response to reactive oxygen species / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / response to toxic substance / cellular response to insulin stimulus / response to estradiol / cellular response to lipopolysaccharide / response to ethanol / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / protein-containing complex / mitochondrion / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, Pi class / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal ...Glutathione S-transferase, Pi class / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutathione S-transferase P 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / MOLECULAR REEMPLACEMENT / 解像度: 2 Å
データ登録者Vega, M.C. / Coll, M.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1998
タイトル: The three-dimensional structure of Cys-47-modified mouse liver glutathione S-transferase P1-1. Carboxymethylation dramatically decreases the affinity for glutathione and is associated ...タイトル: The three-dimensional structure of Cys-47-modified mouse liver glutathione S-transferase P1-1. Carboxymethylation dramatically decreases the affinity for glutathione and is associated with a loss of electron density in the alphaB-310B region.
著者: Vega, M.C. / Walsh, S.B. / Mantle, T.J. / Coll, M.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Molecular Structure at 1.8 A of Mouse Liver Class Pi Glutathione S-Transferase Complexed with S-(P-Nitrobenzyl)Glutathione and Other Inhibitors
著者: Garcia-Saez, I. / Parraga, A. / Phillips, M.F. / Mantle, T.J. / Coll, M.
履歴
登録1996年11月2日処理サイト: BNL
改定 1.01997年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / diffrn_source ...database_2 / diffrn_source / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE CLASS PI
B: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE CLASS PI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0082
ポリマ－47,0082
非ポリマー00
水2,702150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)132.500, 132.500, 63.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 GLUTATHIONE S-TRANSFERASE CLASS PI / GST YFYF


分子量: 23503.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: CHEMICAL MODIFICATION ON CYS 47 WITH IODOACETIC ACID, CYS 47 CARBOXYMETHYLATED
由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: LIVER / 参照: UniProt: P19157, glutathione transferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.9 %
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
13.5 mg/mlprotein1drop
217 mMHEPES1drop
332 mM1dropCaCl2
44.2 %PEG40001drop
519 %PEG40001reservoir
60.15 M1reservoirCaCl2
775 mMHEPES1reservoir

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.937
検出器検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年7月22日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.937 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 28194 / % possible obs: 75 % / Observed criterion σ(I): 4 / Rmerge(I) obs: 0.061
反射 シェル解像度: 2→2.5 Å / % possible all: 56.6
反射
*PLUS
Num. obs: 31316 / % possible obs: 78.7 % / Observed criterion σ(I): 3
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.2 Å / % possible obs: 56.8 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
XDSデータ削減
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: MOLECULAR REEMPLACEMENT
開始モデル: PDB ENTRY 1GLQ

1glq


解像度: 2→8 Å / Data cutoff high absF: 50 / Data cutoff low absF: 2 / 交差検証法: BRUNGER'S METHOD / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 -10 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.193 26183 75 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3064 0 0 150 3214
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.337
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.195
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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