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万見
- PDB-1ba7: SOYBEAN TRYPSIN INHIBITOR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ba7
タイトルSOYBEAN TRYPSIN INHIBITOR
要素TRYPSIN INHIBITOR (KUNITZ)
キーワードSERINE PROTEASE INHIBITOR / TRYPSIN INHIBITOR (KUNITZ)
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type endopeptidase inhibitor activity
類似検索 - 分子機能
Soybean trypsin inhibitor (Kunitz) protease inhibitors family signature. / Proteinase inhibitor I3, Kunitz legume / Trypsin and protease inhibitor / Soybean trypsin inhibitor (Kunitz) family of protease inhibitors / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Trypsin inhibitor A
類似検索 - 構成要素
生物種Glycine max (ダイズ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者De Meester, P. / Brick, P. / Lloyd, L.F. / Blow, D.M. / Onesti, S.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998
タイトル: Structure of the Kunitz-type soybean trypsin inhibitor (STI): implication for the interactions between members of the STI family and tissue-plasminogen activator.
著者: De Meester, P. / Brick, P. / Lloyd, L.F. / Blow, D.M. / Onesti, S.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Crystal Structure of a Kunitz-Type Trypsin Inhibitor from Erythrina Caffra Seeds
著者: Onesti, S. / Brick, P. / Blow, D.M.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1974
タイトル: Crystal Structure of the Complex of Porcine Trypsin with Soybean Trypsin Inhibitor (Kunitz) at 2.6-A Resolution
著者: Sweet, R.M. / Wright, H.T. / Janin, J. / Chothia, C.H. / Blow, D.M.
履歴
登録1998年4月22日処理サイト: BNL
改定 1.01998年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月18日Group: Data collection / Other / カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_database_status
Item: _diffrn_detector.detector / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42023年8月2日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRYPSIN INHIBITOR (KUNITZ)
B: TRYPSIN INHIBITOR (KUNITZ)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2312
ポリマ－40,2312
非ポリマー00
水2,828157
1
A: TRYPSIN INHIBITOR (KUNITZ)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1161
ポリマ－20,1161
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: TRYPSIN INHIBITOR (KUNITZ)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1161
ポリマ－20,1161
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.110, 53.870, 58.200
Angle α, β, γ (deg.)71.75, 90.00, 82.98
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 TRYPSIN INHIBITOR (KUNITZ)


分子量: 20115.641 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Glycine max (ダイズ) / 参照: UniProt: P01070
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE SCISSILE BOND IS BETWEEN ARG 62 AND ILE 63.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.13 %
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.0
結晶化
*PLUS
温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: drop solution was mixed with an equal volume of reservoir solution
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115 mg/mlprotein1drop
21.4 Mphosphate1reservoir
32.5 %(v/v)dioxane1reservoir
41.25 %(v/v)PEG4001reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 291 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT / 波長: 1.5418
検出器タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1993年9月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→15 Å / Num. obs: 14369 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.63 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.181 / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / Rsym value: 0.181 / % possible all: 88.6
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 88.6 % / Num. unique obs: 1914

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MADNESデータ収集
CCP4データ削減
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
MADNESデータ削減
CCP4データスケーリング
X-PLOR3.851位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1TIE

1tie


解像度: 2.5→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT CORRECTION USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 700 5 %RANDOM
Rwork0.16 ---
obs0.16 14619 94.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 36 Å2
Refine analyzeLuzzati d res low obs: 15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2496 0 0 157 2653
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.42
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d28.8
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.68
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it3.291.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it5.352
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it5.382
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it8.232.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.61 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 96 5 %
Rwork0.282 1653 -
obs--89.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2TOPH19.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg28.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.68
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.282

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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