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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1b9t | |||||||||
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タイトル | NOVEL AROMATIC INHIBITORS OF INFLUENZA VIRUS NEURAMINIDASE MAKE SELECTIVE INTERACTIONS WITH CONSERVED RESIDUES AND WATER MOLECULES IN THE ACTIVE SITE | |||||||||
要素 | PROTEIN (NEURAMINIDASE) | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / INFLUENZA / NEURAMINIDASE / SIALIDASE / INHIBITOR / B/LEE/40 | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Finley, J.B. / Atigadda, V.R. / Duarte, F. / Zhao, J.J. / Brouillette, W.J. / Air, G.M. / Luo, M. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999 タイトル: Novel aromatic inhibitors of influenza virus neuraminidase make selective interactions with conserved residues and water molecules in the active site. 著者: Finley, J.B. / Atigadda, V.R. / Duarte, F. / Zhao, J.J. / Brouillette, W.J. / Air, G.M. / Luo, M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1b9t.cif.gz | 94.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1b9t.ent.gz | 69.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1b9t.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1b9t_validation.pdf.gz | 846.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1b9t_full_validation.pdf.gz | 860.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1b9t_validation.xml.gz | 18.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1b9t_validation.cif.gz | 25.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/1b9t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/1b9t | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43460.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Influenza B virus (B/Lee/40) (B型インフルエンザウイルス) 属: Influenzavirus B / 生物種: Influenza B virus / 株: B/Lee/40 / 参照: UniProt: P03474, exo-alpha-sialidase | ||||
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#2: 糖 | ChemComp-NAG / | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-RAI / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.35 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.8 / 詳細: pH 6.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Sudbeck, E.A., (1997) J. Mol. Biol., 267, 584. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 297 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1998年8月1日 |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 17565 / % possible obs: 77.91 % / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 2.7 % / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 12.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Rsym value: 0.45 / % possible all: 77.91 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / Rmerge(I) obs: 0.09 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 64.4 % / Rmerge(I) obs: 0.0042 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1IVB 解像度: 2.4→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.85 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.173 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.488 / Rfactor obs: 0.285 |