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- PDB-1b9k: ALPHA-ADAPTIN APPENDAGE DOMAIN, FROM CLATHRIN ADAPTOR AP2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b9k
タイトルALPHA-ADAPTIN APPENDAGE DOMAIN, FROM CLATHRIN ADAPTOR AP2
要素PROTEIN (ALPHA-ADAPTIN APPENDAGE DOMAIN)
キーワードENDOCYTOSIS/EXOCYTOSIS / ENDOCYTOSIS / ADAPTOR / ENDOCYTOSIS-EXOCYTOSIS COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


LDL clearance / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / Retrograde neurotrophin signalling / VLDLR internalisation and degradation / Recycling pathway of L1 / AP-2 adaptor complex / postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis ...LDL clearance / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / Retrograde neurotrophin signalling / VLDLR internalisation and degradation / Recycling pathway of L1 / AP-2 adaptor complex / postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / membrane coat / Clathrin-mediated endocytosis / clathrin adaptor activity / clathrin-dependent endocytosis / MHC class II antigen presentation / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / synaptic vesicle endocytosis / vesicle-mediated transport / Neutrophil degranulation / secretory granule / intracellular protein transport / kinase binding / cytoplasmic side of plasma membrane / disordered domain specific binding / presynapse / cytoplasmic vesicle / postsynapse / protein domain specific binding / lipid binding / protein kinase binding
類似検索 - 分子機能
Gamma-adaptin ear (GAE) domain / Clathrin adaptor, alpha-adaptin, appendage, C-terminal subdomain / Adaptor protein complex AP-2, alpha subunit / Alpha adaptin AP2, C-terminal domain / TATA-Binding Protein / : / Coatomer/calthrin adaptor appendage, C-terminal subdomain / Clathrin adaptor, alpha/beta/gamma-adaptin, appendage, Ig-like subdomain / Adaptin C-terminal domain / Adaptin C-terminal domain ...Gamma-adaptin ear (GAE) domain / Clathrin adaptor, alpha-adaptin, appendage, C-terminal subdomain / Adaptor protein complex AP-2, alpha subunit / Alpha adaptin AP2, C-terminal domain / TATA-Binding Protein / : / Coatomer/calthrin adaptor appendage, C-terminal subdomain / Clathrin adaptor, alpha/beta/gamma-adaptin, appendage, Ig-like subdomain / Adaptin C-terminal domain / Adaptin C-terminal domain / Clathrin/coatomer adaptor, adaptin-like, N-terminal / Adaptin N terminal region / Clathrin adaptor, appendage, Ig-like subdomain superfamily / TATA-Binding Protein / TBP domain superfamily / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AP-2 complex subunit alpha-2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Owen, D.J. / Evans, P.R.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / : 1999
タイトル: A structural explanation for the binding of multiple ligands by the alpha-adaptin appendage domain.
著者: Owen, D.J. / Vallis, Y. / Noble, M.E. / Hunter, J.B. / Dafforn, T.R. / Evans, P.R. / McMahon, H.T.
履歴
登録1999年2月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (ALPHA-ADAPTIN APPENDAGE DOMAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0171
ポリマ-27,0171
非ポリマー00
5,441302
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.860, 40.870, 42.470
Angle α, β, γ (deg.)99.40, 95.29, 113.69
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (ALPHA-ADAPTIN APPENDAGE DOMAIN)


分子量: 27016.768 Da / 分子数: 1 / 断片: APPENDAGE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: PGEX 4T2 / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 遺伝子 (発現宿主): ALPHA-ADAPTIN C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5ALPHA / 参照: UniProt: P17427
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39 %
結晶化pH: 6
詳細: 20% PEG 4000, 10% ISOPROPANOL, 100MM NA CITRATE PH 6.0, 10MM DTT, 6MG/ML PROTEIN
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 %PEG40001reservoir
210 %isopropanol1reservoir
3100 mMsodium citrate1reservoir
410 mMdithiothreitol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1
検出器タイプ: MAR scanner 180 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年9月1日
放射モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→15.55 Å / Num. obs: 51805 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.235 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Rsym value: 0.235 / % possible all: 97
反射
*PLUS
最低解像度: 16 Å / % possible obs: 96.9 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.9 % / Rmerge(I) obs: 0.295

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARPSOLOMON位相決定
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SOLOMON位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.9→15.55 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 1444 8 %RANDOM
Rwork0.163 ---
obs0.172 18198 97 %-
原子変位パラメータBiso mean: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.41 Å20.14 Å20.04 Å2
2---0.6 Å20.13 Å2
3----0.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→15.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1875 0 0 302 2177
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0130.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0320.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0340.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it2.53
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it3.25
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it4.44
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it66
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.010.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1230.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.180.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2450.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1090.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor4.47
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor1315
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor2120
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor15
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.169 / Rfactor Rfree: 0.223 / Rfactor Rwork: 0.169
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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