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- PDB-1b93: METHYLGLYOXAL SYNTHASE FROM ESCHERICHIA COLI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b93
タイトルMETHYLGLYOXAL SYNTHASE FROM ESCHERICHIA COLI
要素PROTEIN (METHYLGLYOXAL SYNTHASE)
キーワードLYASE / GLYCOLYTIC BYPASS / METHYLGLYOXAL
機能・相同性
機能・相同性情報


methylglyoxal biosynthetic process / methylglyoxal synthase / methylglyoxal synthase activity / protein hexamerization / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Methylglyoxal synthase / Methylglyoxal synthase, active site / Methylglyoxal synthase active site. / Methylglyoxal synthase-like domain / Methylglyoxal synthase-like domain / Methylglyoxal synthase-like domain superfamily / MGS-like domain / MGS-like domain profile. / MGS-like domain / Rossmann fold ...Methylglyoxal synthase / Methylglyoxal synthase, active site / Methylglyoxal synthase active site. / Methylglyoxal synthase-like domain / Methylglyoxal synthase-like domain / Methylglyoxal synthase-like domain superfamily / MGS-like domain / MGS-like domain profile. / MGS-like domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / PHOSPHATE ION / Methylglyoxal synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Saadat, D. / Harrison, D.H.T.
引用ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1999
タイトル: The crystal structure of methylglyoxal synthase from Escherichia coli.
著者: Saadat, D. / Harrison, D.H.
履歴
登録1999年2月23日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (METHYLGLYOXAL SYNTHASE)
B: PROTEIN (METHYLGLYOXAL SYNTHASE)
C: PROTEIN (METHYLGLYOXAL SYNTHASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,23011
ポリマ－50,8133
非ポリマー4178
水3,909217
1
A: PROTEIN (METHYLGLYOXAL SYNTHASE)
B: PROTEIN (METHYLGLYOXAL SYNTHASE)
C: PROTEIN (METHYLGLYOXAL SYNTHASE)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (METHYLGLYOXAL SYNTHASE)
B: PROTEIN (METHYLGLYOXAL SYNTHASE)
C: PROTEIN (METHYLGLYOXAL SYNTHASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,46022
ポリマ－101,6256
非ポリマー83416
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_666-y+1,-x+1,-z+7/61
Buried area18850 Å2
ΔGint-156 kcal/mol
Surface area30230 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)123.340, 123.340, 155.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.187058, 0.174494, 0.966727), (0.906715, 0.409333, 0.101561), (-0.377992, 0.895543, -0.234785)
ベクター: -75.202, 8.4686, 65.8311)

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (METHYLGLYOXAL SYNTHASE)


分子量: 16937.545 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: LE392 / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: MGSA / プラスミド: PETMGSWT / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 遺伝子 (発現宿主): MGSA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A731, methylglyoxal synthase
#2: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.48 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 mg/mlprotein1drop
250 mMTris-acetate1drop
31 mM1dropKH2PO4
41.2 Msodium formate1reservoir
5100 mMsodium cacodylate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE
放射モノクロメーター: GRAPHITE MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 58374 / % possible obs: 89.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 12.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rsym value: 0.077
反射 シェル解像度: 1.8→1.88 Å / % possible all: 36.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 247774
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 36.8 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XTALVIEW精密化
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.9→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.202 3788 7.1 %RANDOM
Rwork0.181 ---
obs0.181 53546 82.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.2 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.22 Å0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3396 0 26 217 3639
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.9
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.65
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.451.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.282
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.982
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it4.522.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 335 7.4 %
Rwork0.281 4163 -
obs--42.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2TOPPAR2:FMT.PARTOPH19.SOL
X-RAY DIFFRACTION3TOPPAR2:PO4.PARTOPPAR2:FMT.TOP
X-RAY DIFFRACTION4TOPPAR2:PO4.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.9
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.65

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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