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- PDB-1b8i: STRUCTURE OF THE HOMEOTIC UBX/EXD/DNA TERNARY COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b8i
タイトルSTRUCTURE OF THE HOMEOTIC UBX/EXD/DNA TERNARY COMPLEX
要素
  • DNA (5'-D(*AP*CP*GP*TP*GP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*GP*GP*CP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*TP*CP*GP*CP*CP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*CP*AP*C)-3')
  • PROTEIN (HOMEOBOX PROTEIN EXTRADENTICLE)
  • PROTEIN (ULTRABITHORAX HOMEOTIC PROTEIN IV)
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / DNA BINDING / HOMEODOMAIN / HOMEOTIC PROTEINS / DEVELOPMENT / SPECIFICITY / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


dorsal vessel aortic cell fate commitment / positive regulation of muscle organ development / anterior Malpighian tubule development / specification of animal organ identity / regulation of imaginal disc growth / salivary gland boundary specification / haltere development / oenocyte development / mesodermal cell fate specification / specification of segmental identity, thorax ...dorsal vessel aortic cell fate commitment / positive regulation of muscle organ development / anterior Malpighian tubule development / specification of animal organ identity / regulation of imaginal disc growth / salivary gland boundary specification / haltere development / oenocyte development / mesodermal cell fate specification / specification of segmental identity, thorax / open tracheal system development / imaginal disc-derived leg morphogenesis / somatic muscle development / muscle cell fate specification / polytene chromosome band / endoderm formation / eye development / regulation of cell fate specification / peripheral nervous system development / cell fate determination / anterior/posterior pattern specification / midgut development / transcription factor binding / neuron development / embryonic organ development / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / transcription repressor complex / transcription coregulator binding / protein-DNA complex / transcription coregulator activity / animal organ morphogenesis / brain development / RNA polymerase II transcription regulator complex / heart development / DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / transcription coactivator activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein heterodimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PBX, PBC domain / PBC domain / PBC domain profile. / Homeobox protein, antennapedia type, conserved site / 'Homeobox' antennapedia-type protein signature. / Homeobox KN domain / Homeobox KN domain / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. ...PBX, PBC domain / PBC domain / PBC domain profile. / Homeobox protein, antennapedia type, conserved site / 'Homeobox' antennapedia-type protein signature. / Homeobox KN domain / Homeobox KN domain / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Homeobox protein extradenticle / Homeotic protein ultrabithorax
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Passner, J.M. / Ryoo, H.-D. / Shen, L. / Mann, R.S. / Aggarwal, A.K.
引用ジャーナル: Nature / 年: 1999
タイトル: Structure of a DNA-bound Ultrabithorax-Extradenticle homeodomain complex.
著者: Passner, J.M. / Ryoo, H.D. / Shen, L. / Mann, R.S. / Aggarwal, A.K.
履歴
登録1999年2月1日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA (5'-D(*GP*TP*CP*GP*CP*CP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*CP*AP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*AP*CP*GP*TP*GP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*GP*GP*CP*G)-3')
A: PROTEIN (ULTRABITHORAX HOMEOTIC PROTEIN IV)
B: PROTEIN (HOMEOBOX PROTEIN EXTRADENTICLE)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7304
ポリマ－26,7304
非ポリマー00
水1,982110
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.430, 69.430, 100.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*CP*GP*CP*CP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*CP*AP*C)-3')


分子量: 4537.975 Da / 分子数: 1 / 断片: UBX/EXD CONSENSUS BINDING SITE / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*GP*TP*GP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*GP*GP*CP*G)-3')


分子量: 4640.020 Da / 分子数: 1 / 断片: UBX/EXD CONSENSUS BINDING SITE / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 PROTEIN (ULTRABITHORAX HOMEOTIC PROTEIN IV) / ULTRABITHORAX


分子量: 9998.532 Da / 分子数: 1 / 断片: YPWM MOTIF AND HOMEODOMAIN / Mutation: C139S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
解説: IVA SPLICING ISOFORM OF THE UBX GENE WAS USED; / 細胞内の位置: NUCLEUS / 遺伝子: UBX / プラスミド: PET-3A / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: P83949
#4: タンパク質 PROTEIN (HOMEOBOX PROTEIN EXTRADENTICLE) / PBX PROTEIN


分子量: 7553.561 Da / 分子数: 1 / 断片: HOMEODOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
細胞内の位置: NUCLEUS / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40427
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.6M AMMONIUM PHOSPHATE, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
濃度: 0.6 M / 一般名: ammonium phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.93
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 1998年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 10324 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 10.5 % / Biso Wilson estimate: 48.2 Å2 / Rsym value: 7.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Rsym value: 18.5 / % possible all: 100
反射
*PLUS
Num. measured all: 110271 / Rmerge(I) obs: 0.074
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.185

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MLPHARE位相決定
SHARP位相決定
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.4→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.304 508 5.4 %RANDOM
Rwork0.224 ---
obs-9490 96.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 42.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.3 Å20 Å20 Å2
2---8.3 Å20 Å2
3---16.61 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.43 Å0.34 Å
Luzzati d res low-8 Å
Luzzati sigma a0.28 Å0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1028 609 0 110 1747
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg0.95
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d21.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.96
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it6.741.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it9.32
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it7.222
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it9.892.5
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.51 Å / Rfactor Rfree error: 0.057 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 50 4.5 %
Rwork0.32 1052 -
obs--92.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3TOPH19.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5.4 % / Rfactor obs: 0.224
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 42.7 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg21.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.96
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.324 / % reflection Rfree: 4.5 % / Rfactor Rwork: 0.32

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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